關于發布上海市2024年度“科技創新行動計劃”計算生物學領域項目申報指南的通知
發布時間：2024-09-18 來源：上海市科學技術委員會滬科指南〔2024〕25號
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各有關單位：
為深入實施創新驅動發展戰略，加快建設具有全球影響力的科技創新中心，根據《上海市建設具有全球影響力的科技創新中心“十四五”規劃》《上海市計算生物學創新發展行動計劃（2023-2025年）》，上海市科學技術委員會發布2024年度“科技創新行動計劃”計算生物學領域項目申報指南。
一、征集范圍
專題一、生物大數據共性算法
方向1：個體化基因表達調控元件功能解析算法
研究目標：開發解析基因表達和調控元件活性的算法，實現等位基因特異性調控元件的功能預測，性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內容：開發基于個體基因組的基因表達及調控元件活性定量解析算法，揭示人類基因組中等位基因表達及其調控的細胞和組織特異性機制；開發精準預測跨細胞和組織類型的等位基因特異性調控元件的計算模型，解析在神經系統發育和復雜疾病發生發展過程中的作用機制。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向2：細胞微環境調控網絡的智能化解析算法
研究目標：開發解析細胞微環境調控網絡的智能化分析算法，解析細胞微環境調控網絡對細胞命運決定和表觀遺傳重塑的影響機制，性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內容：開發解析細胞微環境調控網絡的智能化分析算法，精準解析胚胎發育、癌癥發生等過程中細胞微環境多模態生物學特征間的相互關系，包括但不限于功能細胞組分、表觀遺傳景觀、生物分子流等特征解析，并鑒定出與細胞命運決定和表觀遺傳重塑密切關聯的重要細胞微環境特征。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向3：復雜表型的遺傳與環境因素解析算法
研究目標：開發外部暴露與內部多模態表型之間的解析算法，闡明關鍵遺傳和環境因素對復雜表型的影響機制，預測性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內容：整合基因組、環境暴露組、微觀表型和宏觀復雜表型等數據，建立集基因定位解析、因果關系推斷等功能的網絡模型；開發影響人體細胞、分子等表型的遺傳和環境因素解析算法，系統解析外部暴露與內部多模態表型之間的相互作用。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向4：生物神經元信息整合數學理論
研究目標：發展生物神經元整合信息的數學理論，建立新型類腦網絡模型，實現1個量級以上參數量的優化，精度相比國際主流算法提升5%以上。
研究內容：開發能夠解析真實生物神經元工作機制的數學理論分析框架，建立具有神經元樹突計算功能的新型脈沖神經元模型；發展神經元異構連接下的網絡動力學編碼數學理論，開發新型類腦神經網絡以及動力學演化算法，并在經典圖像（動態）識別、恢復及分類等基準問題上進行驗證。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
專題二、蛋白質與核酸設計改造
方向1：蛋白質動態結構預測與設計
研究目標：開發低分辨率數據計算方法，提高蛋白質分子動力學模擬效率，實現天然無規蛋白的動態構象預測并指導蛋白質的結構設計。
研究內容：基于晶體衍射或冷凍電鏡等實驗數據，開發提高結構解析分辨率的計算方法，從低分辨率實驗數據分析提取大分子結構動態分布信息；發展生物大分子結構預測的柔性建模算法，建立蛋白質分子動力學模型；實現對大規模天然無規蛋白動態構象的系統預測，并指導蛋白質的結構設計。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向2：核酸結構預測和設計優化
研究目標：建立自主可控的核酸大語言模型，提升核酸結構與功能的預測精度，核酸設計優化性能相比國際同期最高水平提升5%以上。
研究內容：基于大量核酸序列訓練數據，開發自主可控的通用核酸序列語言模型，精準預測核酸結構、甲基化修飾、可變剪切等事件，實現RNA病毒演化趨勢的預測，以及更高蛋白表達效率核酸序列的設計優化。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
專題三、AI藥物設計
方向1：疾病靶標可干預變構位點的識別方法開發與驗證
研究目標：開發可干預變構位點識別的新方法，構建達到國際先進水平的變構藥物設計系統，發現2個以上候選小分子藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內容：構建標準化變構位點數據集，采用并優化增強采樣、特征生成、功能評價等智能算法，識別靶標中可滿足疾病干預需求的變構新位點；建立變構藥物設計系統，篩選腫瘤等疾病的候選小分子藥物并進行有效性驗證。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
申報主體要求：本市企業。
方向2：藥物分子精準生成方法開發與驗證
研究目標：開發分子三維構象生成模型和分子原位生成方法，完成候選藥物分子生成和驗證，發現2個以上候選小分子藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內容：基于分子圖數據增強技術和生成式算法，建立精準的分子三維構象生成模型，開發片段分子表征方法和基于靶標結構的原位生成方法，實現多元分子的從頭生成和結構優化，獲得高成藥性候選分子并進行有效性驗證。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
申報主體要求：本市企業。
方向3：抗體藥物設計方法開發與驗證
研究目標：開發抗體藥物的虛擬篩選與設計優化技術，實現抗體藥物的快速高效發現，發現2個以上候選抗體藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內容：解析構象表位與抗體特異識別機制，建立生成式人工智能模型，實現大規?？贵w序列庫高效虛擬篩選；開發抗體藥物的表位組合、免疫原性優化和毒副作用改造等成藥性技術，實現腫瘤、自身免疫等高發疾病抗體藥物的篩選和設計優化并進行有效性驗證。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
申報主體要求：本市企業。
方向4：類抗菌肽藥物設計方法開發與驗證
研究目標：建立類抗菌肽藥物的抗菌活性預測與結構智能設計模型，開發2個以上高效耐藥細菌或真菌類的類抗菌肽，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內容：開發大分子通用表征技術，建立類抗菌肽藥物的活性預測模型，實現構效關系的深入分析與精準預測；開發跨骨架的類抗菌肽生成模型，設計具有高效廣譜抗菌活性的類抗菌肽并進行有效性驗證。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
申報主體要求：本市企業。
專題四、計算生物學在臨床重大疾病精準診療中的應用
方向1：疾病多組學測量數據的標準化處理
研究目標：開發批次效應校正等組學數據處理的標準化技術，實現腫瘤等重大疾病亞型的精準識別并完成性能驗證。
研究內容：開發標準化的數據整合、批次效應校正等技術，提升疾病隊列多組學數據的質量；基于疾病多組學數據開發疾病的精準分型算法，識別腫瘤等重大疾病的分子亞型并實現臨床應用。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
方向2：基于醫療多模態數據的知識推理
研究目標：建立覆蓋全科核心知識的醫療大模型，基于多種重大疾病多模態數據集的訓練學習，實現2種以上重大疾病的協同會診。
研究內容：采用知識推理、統計分析、動力學建模等方法，融合多維組學、臨床信息等多模態醫療數據，構建醫療大模型，并在2種以上重大疾病的協同會診和個體化精準治療等應用場景進行應用驗證。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
方向3：基于泛基因組學的腫瘤精準診療分析
研究目標：開發腫瘤泛基因組構建技術，建立我國高發癌癥的泛基因組，精準識別癌癥診療標志物，識別準確性高于現有通用檢測方法。
研究內容：開發具有良好可擴展性的腫瘤泛基因組構建技術，建立我國高發癌癥的泛基因組；基于泛基因組開發癌癥變異識別、分析及圖形化展示系統，精準發現我國高發癌癥的臨床診療標志物。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
方向4：重性精神疾病精準早期預警
研究目標：開發重性精神疾病多組學數據與環境因素交互作用的分析系統，實現對精神分裂癥等重性精神疾病患者的早期預警。
研究內容：基于重性精神疾病大樣本多組學資源平臺，開發基因組結構變異、轉錄組剪切變異、表觀修飾變異等數據分析算法，結合全基因組關聯技術及回顧性環境因素數據，建立精神分裂癥等重性精神疾病早期預警系統，為臨床早期干預提供支撐。
執行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過300萬元。
二、申報要求
除滿足前述相應條件外，還須遵循以下要求：
1.項目申報單位應當是注冊在本市的法人或非法人組織，具有組織項目實施的相應能力。
2.對于申請人在以往市級財政資金或其他機構（如科技部、國家自然科學基金等）資助項目基礎上提出的新項目，應明確闡述二者的異同、繼承與發展關系。
3.所有申報單位和項目參與人應遵守科研誠信管理要求，項目負責人應承諾所提交材料真實性，申報單位應當對申請人的申請資格負責，并對申請材料的真實性和完整性進行審核，不得提交有涉密內容的項目申請。
4.申報項目若提出回避專家申請的，須在提交項目可行性方案的同時，上傳由申報單位出具公函提出回避專家名單與理由。
5.所有申報單位和項目參與人應遵守科技倫理準則。擬開展的科技活動應進行科技倫理風險評估，涉及科技部《科技倫理審查辦法（試行）》（國科發監〔2023〕167號）第二條所列范圍科技活動的，應按要求進行科技倫理審查并提供相應的科技倫理審查批準材料。
6.已作為項目負責人承擔市科委科技計劃在研項目2項及以上者，不得作為項目負責人申報。
7.項目經費預算編制應當真實、合理，符合市科委科技計劃項目經費管理的有關要求。
8.每位項目負責人申報項目不超過1項。
9.鼓勵項目產生的代碼提交到GitHub等學術社區共享。
三、申報方式
1.項目申報采用網上申報方式，無需送交紙質材料。申請人通過“中國上海”門戶網站（http://www.sh.gov.cn）--政務服務--點擊“上海市財政科技投入信息管理平臺”進入申報頁面，或者直接通過域名https://czkj.sheic.org.cn/進入申報頁面：
【初次填寫】使用“一網通辦”登錄（如尚未注冊賬號，請先轉入“一網通辦”注冊賬號頁面完成注冊），進入申報指南頁面，點擊相應的指南專題，進行項目申報；
【繼續填寫】使用“一網通辦”登錄后，繼續該項目的填報。
有關操作可參閱在線幫助。
2.項目網上填報起始時間為2024年9月26日9:00，截止時間（含申報單位網上審核提交）為2024年10月18日16:30。
四、評審方式
采用第一輪通訊評審、第二輪見面會評審方式。
五、立項公示
上海市科學技術委員會將按規定向社會公示擬立項項目清單，接受公眾異議。
六、咨詢電話
服務熱線：8008205114（座機）、4008205114（手機）
上海市科學技術委員會
2024年9月18日
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