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一種鑒別HBV基因突變類型的方法及其專用芯片與試劑盒

  • 專利類型:發明專利
  • 有效期:不限
  • 發布日期:2021-12-16
  • 技術成熟度:已有樣品
交易價格: ¥面議
  • 法律狀態核實
  • 簽署交易協議
  • 代辦官方過戶
  • 交易成功

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  • 技術(專利)類型 發明專利
  • 申請號/專利號 CN200710179329.9 
  • 技術(專利)名稱 一種鑒別HBV基因突變類型的方法及其專用芯片與試劑盒 
  • 項目單位 博奧生物有限公司
  • 發明人 郭永,趙傳贊,程京,高華方,王國青 
  • 行業類別 智慧健康-健康大數據
  • 技術成熟度 已有樣品
  • 交易價格 ¥面議
  • 聯系人 楊朝君
  • 發布時間 2021-12-16  
  • 01

    項目簡介

    本發明公開了鑒別HBV基因突變類型的方法及其專用芯片與試劑盒。該鑒別HBV基因突變類型的方法,是以待檢測乙型肝炎病毒的基因組為模板,用如下引物組和沒有3′-5′端外切酶活性的DNA聚合酶進行多重PCR擴增,然后將得到的PCR產物與基因芯片進行雜交,根據雜交結果確定HBV基因突變類型;所述引物組包括一種共用引物和一種或一種以上的特異引物;所述特異引物的5′端是條碼序列,所述條碼序列的長度是5-25nt,所述條碼序列與乙型肝炎病毒基因組較低的同源性;所述特異引物的3′端有5-25nt與乙型肝炎病毒的包括一個突變位點的野生型或突變型堿基在內的相應片段完全匹配;所述基因芯片包括若干種探針,所述探針與所述條碼序列一一對應,每種探針只含有一種所述條碼序列。
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  • 02

    說明書

    1.一種鑒別HBV基因突變類型的方法,是以待檢測乙型肝炎病毒的基因組為模板,用如下引物組和沒有3′-5′端外切酶活性的DNA聚合酶進行多重PCR擴增,然后將得到的PCR產物與基因芯片進行雜交,根據雜交結果確定HBV基因突變類型;所述引物組包括一種共用引物和一種或一種以上的特異引物;所述共用引物與所述特異引物組成的每對引物能擴增包括乙型肝炎病毒基因組的一個突變位點的突變型或野生型堿基在內的核苷酸片段;所述特異引物的5′端是條碼序列,所述條碼序列的長度是5-25nt,所述條碼序列與乙型肝炎病毒基因連續匹配或相同的堿基數小于5個;所述特異引物的3′端有5-25nt與乙型肝炎病毒的包括一個突變位點的野生型或突變型堿基在內的相應片段完全匹配;當所述引物組包括一種以上的所述特異引物時,一種所述特異引物的5′端是一種條碼序列,各種條碼序列之間Tm值之差小于等于5℃,相互之間以及與所有的引物之間沒有交叉雜交,并且無發夾結構,與含有所述HBV目的基因的物種的基因組連續匹配或相同的堿基數小于10個;所述基因芯片包括若干種探針,所述探針與所述條碼序列一一對應,每種探針只含有一種所述條碼序列。2.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:所述特異引物與乙型肝炎病毒的包括一個突變位點的野生型或突變型堿基在內的相應片段完全匹配。3.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:所述多重PCR擴增在一管中進行,或分為多管進行多管多重PCR反應。4.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:所述條碼序列為單鏈寡核苷酸序列或肽核酸序列。5.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:所述特異引物引入人工錯配堿基;所述人工錯配堿基是天然的A、T、C、G四種堿基或其類似物;所述類似物包括尿嘧啶,肽核酸和鎖定核酸。6.根據權利要求1所述的方法,其特征在于:所述條碼序列帶有熒光分子或可通過化學發光或固體微粒進行標記檢測的分子。7.根據權利要求1至6中任一所述的方法,其特征在于:所述HBV基因突變類型為rtL80V、rtL80I、rtI169T、rtV173G、rtV173L、rtL180M、rtA181T、rtA181V、rtT184G、rtS202I、rtM204I、rtM204V、rtM204S、rtN236T和rtM250I中的至少一種。8.根據權利要求7所述的方法,其特征在于:所述HBV基因突變類型為rtL180M、rtA181T、rtA181V、rtM204I、rtM204V、rtM204S和rtN236T中的至少一種。9.根據權利要求7所述的方法,其特征在于:所述共用引物的核苷酸序列是序列表中的序列1;所述特異引物為下述11種單鏈核苷酸片段中的一種或任意多種,所述11種單鏈核苷酸片段的核苷酸序列分別是序列表中的序列2至序列12。10.根據權利要求9所述的方法,其特征在于:所述條碼序列為下述11種單鏈核苷酸片段中的一種或任意多種:所述11種單鏈核苷酸片段的核苷酸序列分別是序列表中的序列2的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列3的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列4的自5′末端的第1至23位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列5的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列6的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列7的自5′末端的第1至24位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列8的自5′末端的第1至23位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列9的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列10的自5′末端的第1至24位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列11的自5′末端的第1至23位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列12的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸;所述基因芯片包括下述11種探針中的一種或任意多種:所述11種探針中的每種探針分別含有一種所述條碼序列。11.一種基因芯片,它包括下述11種探針中的一種或任意多種,所述11種探針中的每種探針分別含有下述11種條碼序列中的任意一種;所述條碼序列為下述11種單鏈核苷酸片段中的一種或任意多種:所述11種單鏈核苷酸片段的核苷酸序列分別是序列表中的序列2的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列3的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列4的自5′末端的第1至23位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列5的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列6的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列7的自5′末端的第1至24位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列8的自5′末端的第1至23位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列9的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列10的自5′末端的第1至24位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列11的自5′末端的第1至23位脫氧核糖核苷酸、序列表中的序列12的自5′末端的第1至22位脫氧核糖核苷酸.12.一種試劑盒,包括一種共用引物和一種或一種以上的特異引物;所述共用引物與所述特異引物組成的每對引物能擴增包括乙型肝炎病毒基因組的一個突變位點的突變型或野生型堿基在內的核苷酸片段;所述特異引物的5′端是條碼序列,所述條碼序列的長度是5-25nt,所述條碼序列與乙型肝炎病毒基因連續匹配或相同的堿基數小于5個;所述特異引物的3′端有5-25nt與乙型肝炎病毒的包括一個突變位點的野生型或突變型堿基在內的相應片段完全匹配;當所述引物組包括一種以上的所述特異引物時,一種所述特異引物的5′端是一種條碼序列,各種條碼序列之間Tm值之差小于等于5℃,相互之間以及與所有的引物之間沒有交叉雜交,并且無發夾結構,與含有所述HBV目的基因的物種的基因組連續匹配或相同的堿基數小于10個。13.根據權利要求12所述的試劑盒,其特征在于:所述特異引物與乙型肝炎病毒的包括一個突變位點的野生型或突變型堿基在內的相應片段完全匹配。14.根據權利要求12或13所述的試劑盒,其特征在于:所述條碼序列為單鏈寡核苷酸序列或肽核酸序列。15.根據權利要求12或13所述的試劑盒,其特征在于:所述特異引物引入人工錯配堿基;所述人工錯配堿基是天然的A、T、C、G四種堿基或其類似物;所述類似物包括尿嘧啶,肽核酸和鎖定核酸。16.根據權利要求12或13所述的試劑盒,其特征在于:所述條碼序列帶有熒光分子或可通過化學發光或固體微粒進行標記檢測的分子。17.根據權利要求12或13所述的試劑盒,其特征在于:所述突變位點為rtL80V、rtL80I、rtI169T、rtV173G、rtV173L、rtL180M、rtA181T、rtA181V、rtT184G、rtS202I、rtM204I、rtM204V、rtM204S、rtN236T和rtM250I中的至少一個。18.根據權利要求17所述的試劑盒,其特征在于:所述突變位點為rtL180M、rtA181T、rtA181V、rtM204I、rtM204V、rtM204S和rtN236T中的至少一個。19.根據權利要求12或13所述的試劑盒,其特征在于:所述共用引物的核苷酸序列是序列表中的序列1;所述特異引物為下述11種單鏈核苷酸片段中的一種或任意多種,所述11種單鏈核苷酸片段的核苷酸序列分別是序列表中的序列2至序列12。20.根據權利要求19所述的試劑盒,其特征在于:所述試劑盒還包括權利要求11所述的基因芯片。21.根據權利要求20所述的試劑盒,其特征在于:所述試劑盒還包括沒有3′-5′端外切酶活性的DNA聚合酶。
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