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一種無需擴增基因組DNA的納米探針芯片及檢測方法

  • 專利類型:發明專利
  • 有效期:不限
  • 發布日期:2021-12-05
  • 技術成熟度:已有樣品
交易價格: ¥面議
  • 法律狀態核實
  • 簽署交易協議
  • 代辦官方過戶
  • 交易成功

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  • 技術(專利)類型 發明專利
  • 申請號/專利號 CN200710170616.3 
  • 技術(專利)名稱 一種無需擴增基因組DNA的納米探針芯片及檢測方法 
  • 項目單位 中國科學院上海微系統與信息技術研究所
  • 發明人 毛紅菊,趙建龍,賈春平,金慶輝 
  • 行業類別 其他領域
  • 技術成熟度 已有樣品
  • 交易價格 ¥面議
  • 聯系人 朱嫻云
  • 發布時間 2021-12-05  
  • 01

    項目簡介

    本發明涉及的是一種無需擴增基因組DNA的納米探針芯片及檢測方法。其特征在于:未標記靶核酸的檢測是通過兩步連續的與等位特異地固定在芯片表面的捕捉探針以及標記納米金顆粒的特異寡核苷酸探針的三明治雜交反應,經過銀染增強的納米金信號放大效應產生高靈敏的識別信號,然后直接用顯微鏡進行觀察或者用普通光學掃描儀進行掃描直接得到相應的雜交結果,也可通過相關軟件進行分析,得出檢驗報告。與傳統的基于熒光信號檢測的方法相比,本方法大大提高了檢測的靈敏度和特異性,能夠檢測未擴增的基因組DNA樣品中的靶基因及單堿基突變。
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  • 02

    說明書

    1. 一種無需擴增基因組DNA的納米探針芯片的檢測方法,所述的納米探針芯片采用兩個寡核苷酸探針,它們分別為等位特異的捕捉探針和共價結合納米金顆粒的信號探針;其中,等位特異的捕捉探針覆蓋了單核苷酸多態性位點,且固定在玻片表面,共價結合納米金顆粒的信號探針按靶DNA序列的一個臨近單核苷酸多態位點的序列設計;其特征在于檢測步驟為以下8步:a)待測樣品的處理抽提基因DNA,并將基因組DNA降解成500-1000bp的片斷;b)根據待測基因或SNP位點設計捕捉探針每個SNP位點位于探針的中間捕捉,探針的堿基數不超過25bp,固定在修飾好的玻片上,捕捉探針的5’末端需加16個長度T的連接臂和氨基修飾;c)根據臨近SNP位點的靶DNA序列設計帶有巰基的信號探針信號探針的堿基數不超過40bp,并且在探針的3’端加有三個CH2和一個SH巰基;d)制作芯片將捕捉探針通過芯片點樣儀點在醛基修飾的玻片上,37℃度固定72小時,制備SNP基因芯片;e)金納米顆粒標記帶有疏基的信號探針15nm-30nm的納米金200μl加巰基的寡核苷酸探針100μmol/L,11μl,室溫下放置24小時,然后將2M?NaCl以及1×PB加入到該混合液中,使其濃度達到0.075M;2小時后繼續加入NaCl,并調整NaCl濃度到0.1M;繼續放置84小時后,納米顆粒通過12000rpm離心進行分離;f)納米芯片與靶DNA的雜交所述的雜交是由兩次連續的雜交過程組成:第一步雜交:取步驟a)降解的濃度為100ng/μl的基因組DNA?5μl加10μl雜交液混合,滴于芯片陣列處,蓋上蓋玻片,置于50℃雜交箱中孵育半個小時,?使DNA樣品與芯片上的特異性捕捉探針結合;然后室溫下取出芯片,在0.5M的NaNO3中洗30秒,氮氣吹干;第二步雜交:將步驟e)所述的納米金標記的探針2μl與10μl的雜交液混合后加在陣列處,50℃雜交箱中雜交20-30分鐘,然后0.5M的NaNO3中清洗3次;g)銀染顯色在芯片陣列處加上配制的銀增強液,蓋上蓋玻片,37℃反應15分鐘,結束后去掉蓋片,超純水清洗后,氮氣吹干;h)檢測使用光學顯微鏡觀察或者電荷耦合CCD器件照相采集以及普通光學掃描儀掃描記錄芯片上的信息;所述的雜交液購于Roche公司,所述的雜交液為EasgHyb;所述的SNP代表單核苷酸多態性;所述的銀增強液:1%明膠??????????????????????????????60μl????????????????2.55g檸檬酸/2.35g檸檬酸三鈉/10ml?H2O?10μl????????????????1.7g氫醌/30ml?H2O,??????????????????30μl????????????????0.5gAgNO3/2ml?H2O;???????????????????1.2μl。2.按權利要求1所述的無需擴增基因組DNA的納米探針芯片的檢測方法,其特征在于步驟a)中待測樣品是通過蛋白酶K消化法、快速高鹽提取法、CTAB法或SDS裂解法方法抽提基因組DNA;然后通過超聲波降解或限制性內切酶方法切斷降解DNA的。3.按權利要求1所述的無需擴增基因組DNA的納米探針芯片的檢測方法,其特征在于步驟b)中所述的捕捉探針的堿基數為18-25bp。4.按權利要求1所述的無需擴增基因組DNA的納米探針芯片的檢測方法,其特征在于步驟c)中所述的信號探針的堿基數為30-40bp。?5.按權利要求1所述的無需擴增基因組DNA的納米探針芯片的檢測方法,其特征在于步驟e)中所述的納米金粒徑為15nm或30nm。6.按權利要求1所述的無需擴增基因組DNA的納米探針芯片的檢測方法,其特征在于步驟f)第二步雜交中所述的0.5M的NaNO3清洗3次時,每次30秒。?
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