本發(fā)明提供了涉及調(diào)節(jié)細(xì)胞針對(duì)靶核酸或其轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的抗性的方法和組合物。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了使用一個(gè)或多個(gè)cas基因或蛋白用來調(diào)節(jié)細(xì)胞針對(duì)靶核酸或其轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的抗性的組合物和方法。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了在開發(fā)和使用菌株組合和起子培養(yǎng)物輪換中使用的方法和組合物。在其它的實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了用于標(biāo)記和/或鑒定細(xì)菌的方法。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了使用CRISPR基因座確定噬菌體對(duì)細(xì)胞的潛在毒力和使用CRISPR?cas調(diào)整噬菌體的遺傳序列以提高毒力水平的方法。在進(jìn)一步的實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了用于開發(fā)和使用噬菌體作為生物控制劑的方法和組合物。

1.用于產(chǎn)生包含至少兩種不同噬菌體抗性變異菌株的起子培養(yǎng)物的方法，所述方法包括步驟：(a)使包含CRISPR基因座的親代細(xì)菌菌株暴露于至少一種噬菌體，以產(chǎn)生包含至少一種含有經(jīng)修飾的CRISPR基因座的噬菌體抗性變異菌株的細(xì)菌混合物，所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座中至少包含一個(gè)其他的間隔區(qū)；(a1)從所述步驟(a)的細(xì)菌混合物選擇所述的噬菌體抗性變異菌株；(a2)從步驟(a1)中選出的所述噬菌體抗性菌株中選擇在所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座中包含額外間隔區(qū)的所述噬菌體抗性變異菌株；(a3)分離所述的噬菌體抗性變異菌株，其中所述菌株在所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座中包含額外的間隔區(qū)；(b)使包含CRISPR基因座的親代細(xì)菌菌株暴露于至少一種不同的噬菌體，以產(chǎn)生包含至少另一種含有經(jīng)修飾的CRISPR基因座的噬菌體抗性變異菌株的細(xì)菌混合物，所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座中至少包含一個(gè)其他的間隔區(qū)；(b1)從所述步驟(b)的細(xì)菌混合物選擇所述的噬菌體抗性變異菌株；(b2)從步驟(b1)中選出的所述噬菌體抗性菌株中選擇在所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座中包含額外間隔區(qū)的所述噬菌體抗性變異菌株；(b3)分離所述的噬菌體抗性變異菌株，其中所述菌株在所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座中包含額外的間隔區(qū)；(c)組合至少一種來自步驟(a3)的分離的噬菌體抗性變異菌株和至少一種來自步驟(b3)的分離的噬菌體抗性變異菌株，其中步驟(b)中的至少一種額外的間隔區(qū)的序列不同于步驟(a)中的至少一種額外的間隔區(qū)。2.權(quán)利要求1的方法，其中所述的方法還包括步驟：比較所述親代細(xì)菌菌株的所述CRISPR基因座和所述噬菌體抗性變異菌株的所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座，以鑒定在所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座中包含在所述親代細(xì)菌菌株的所述CRISPR基因座中缺少的至少一個(gè)額外間隔區(qū)的噬菌體抗性變異菌株。3.權(quán)利要求2的方法，所述方法還包括選擇在所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座中包含額外間隔區(qū)的所述噬菌體抗性變異菌株的步驟。4.權(quán)利要求1的方法，其中將所述的親代細(xì)菌菌株暴露于兩種或多種噬菌體。5.權(quán)利要求1的方法，其中將所述的親代細(xì)菌菌株同時(shí)暴露于兩種或多種噬菌體。6.權(quán)利要求1的方法，其中將所述的親代細(xì)菌菌株依次暴露于兩種或多種噬菌體。7.權(quán)利要求1的方法，其中所述的親代細(xì)菌菌株被噬菌體感染。8.權(quán)利要求7的方法，其中所述的至少一種噬菌體選自以下病毒科：覆蓋噬菌體科(Corticoviridae)、囊狀噬菌體科(Cystoviridae)、絲桿狀噬菌體科(Inoviridae)、光滑噬菌體科(Leviviridae)、微小噬菌體科(Microviridae)、肌尾噬菌體科(Myoviridae)、短尾噬菌體科(Podoviridae)、長(zhǎng)尾噬菌體科(Siphoviridae)和復(fù)層噬菌體科(Tectiviridae)。9.權(quán)利要求7的方法，其中所述的至少一種噬菌體是天然存在的噬菌體。10.權(quán)利要求7的方法，其中所述的至少一種噬菌體是使用噬菌體抗性細(xì)菌通過選擇壓力所獲得的突變噬菌體。11.權(quán)利要求1的方法，其中親代細(xì)菌菌株的所述CRISPR基因座的5’端和/或3’端與所述噬菌體抗性變異菌株的所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座比較。12.權(quán)利要求1的方法，其中所述親代細(xì)菌菌株的所述CRISPR基因座的第一CRISPR間隔區(qū)的5’端和/或3’端與所述噬菌體抗性變異菌株的所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座比較。13.權(quán)利要求1的方法，其中所述親代細(xì)菌菌株的所述CRISPR基因座和所述噬菌體抗性變異菌株的所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座通過擴(kuò)增所述CRISPR基因座的至少一部分和所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座的至少一部分，以產(chǎn)生擴(kuò)增的CRISPR基因座序列和擴(kuò)增的經(jīng)修飾CRISPR基因座序列而進(jìn)行比較。14.權(quán)利要求13的方法，其中使用聚合酶鏈反應(yīng)實(shí)施所述的擴(kuò)增。15.權(quán)利要求1的方法，其中所述親代細(xì)菌菌株的所述CRISPR基因座和所述噬菌體抗性變異菌株的所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座通過對(duì)所述CRISPR基因座的至少一部分和所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座的至少一部分測(cè)序而進(jìn)行比較。16.權(quán)利要求13的方法，所述方法還包括步驟：對(duì)所述擴(kuò)增的CRISPR基因座序列和所述擴(kuò)增的經(jīng)修飾的CRISPR基因座序列測(cè)序。17.權(quán)利要求1的方法，其中在所述經(jīng)修飾的CRISPR基因座中的所述額外間隔區(qū)形成重復(fù)序列-間隔區(qū)單元的部分。18.權(quán)利要求17的方法，其中所述重復(fù)序列-間隔區(qū)單元包含至少44個(gè)核苷酸。19.權(quán)利要求17的方法，其中所述重復(fù)序列-間隔區(qū)單元包含44個(gè)至119個(gè)核苷酸。20.權(quán)利要求17的方法，其中所述重復(fù)序列-間隔區(qū)單元包含與所述親代細(xì)菌菌株的所述CRISPR基因座中的CRISPR重復(fù)序列具有至少95％同一性的至少一個(gè)核苷酸序列。21.權(quán)利要求17的方法，其中所述重復(fù)序列-間隔區(qū)單元包含與至少一種噬菌體的基因組中的核苷酸序列具有至少95％同一性的至少一個(gè)核苷酸序列。22.權(quán)利要求1的方法，其中所述的親代細(xì)菌菌株是工業(yè)用菌株。23.權(quán)利要求22的方法，其中所述的親代細(xì)菌菌株易受至少一種噬菌體感染。24.權(quán)利要求22的方法，其中所述的親代細(xì)菌菌株適合用作起子培養(yǎng)物、益生培養(yǎng)物和/或膳食補(bǔ)充培養(yǎng)物。25.權(quán)利要求1的方法，其中所述的親代細(xì)菌菌株選自埃希氏菌屬(Escherichia)、志賀氏菌屬(Shigella)、沙門氏菌屬(Salmonella)、歐文氏菌屬(Erwinia)、耶爾森氏菌屬(Yersinia)、芽孢桿菌屬(Bacillus)、弧菌屬(Vibrio)、軍團(tuán)菌屬(Legionella)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、奈瑟氏球菌屬(Neisseria)、博德特氏菌屬(Bordetella)、螺桿菌屬(Helicobacter)、利斯特氏菌屬(Listeria)、農(nóng)桿菌屬(Agrobacterium)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)、鏈球菌屬(Streptococcus)、腸球菌屬(Enterococcus)、梭菌屬(Clostridium)、棒桿菌屬(Corynebacterium)、分枝桿菌屬(Mycobacterium)、密螺旋體屬(Treponema)、疏螺旋體屬(Borrelia)、弗朗西絲菌屬(Francisella)、布魯氏菌屬(Brucella)、彎曲桿菌屬(Campylobacter)、克雷伯氏菌屬(Klebsiella)、弗蘭克氏菌屬(Frankia)、巴爾通氏體屬(Bartonella)、立克次氏體屬(Rickettsia)、希瓦氏菌屬(Shewanella)、沙雷氏菌屬(Serratia)、腸桿菌屬(Enterobacter)、變形菌屬(Proteus)、普羅威登斯菌屬(Providencia)、索絲菌屬(Brochothrix)、雙歧桿菌屬(Bifidobacterium)、短桿菌屬(Brevibacterium)、丙酸桿菌屬(Propionibacterium)、乳球菌屬(Lactococcus)、乳桿菌屬(Lactobacillus)、片球菌屬(Pediococcus)、明串珠菌屬(Leuconostoc)和酒球菌屬(Oenococcus)。26.權(quán)利要求1的方法，其中所述的親代細(xì)菌菌株對(duì)于其所暴露于的混合物中的每一種噬菌體易感。27.權(quán)利要求1的方法，其中所述的親代細(xì)菌菌株對(duì)于其所暴露于的混合物中的一些噬菌體易感。28.權(quán)利要求1的方法，其中兩個(gè)或多個(gè)不同的間隔區(qū)各自整合到兩個(gè)或多個(gè)不同的CRISPR基因座中。29.權(quán)利要求1的方法，其中兩個(gè)或多個(gè)不同的間隔區(qū)整合到一個(gè)CRISPR基因座中。30.前述權(quán)利要求的方法獲得的起子培養(yǎng)物。31.權(quán)利要求30的起子培養(yǎng)物，其處于干燥的起子培養(yǎng)物、脫水的起子培養(yǎng)物、冷凍的起子培養(yǎng)物或濃縮的起子培養(yǎng)物的形式。32.權(quán)利要求31的起子培養(yǎng)物，其處于片劑、丸劑、膠囊劑、粉劑、顆粒劑和散劑的形式。33.權(quán)利要求31的起子培養(yǎng)物，其中所述干燥的起子培養(yǎng)物是可濕性、噴霧干燥、冷凍干燥或凍干的。34.權(quán)利要求31的起子培養(yǎng)物，其處于深冷丸劑形式或冷凍干燥粉末的形式。35.權(quán)利要求31的起子培養(yǎng)物，其處于濃縮物的形式。36.發(fā)酵方法，其包括添加權(quán)利要求31-35中任一項(xiàng)的起子培養(yǎng)物至發(fā)酵培養(yǎng)基，在這樣的條件下所述發(fā)酵培養(yǎng)基的組分的發(fā)酵發(fā)生了。37.權(quán)利要求36的方法，其中所述的發(fā)酵不受噬菌體的存在影響。38.權(quán)利要求36的方法，其中所述的發(fā)酵培養(yǎng)基是食品。39.權(quán)利要求38的方法，其中所述的食品是乳制品。40.權(quán)利要求39的方法，其中所述的乳制品是乳。