本發(fā)明公開了一種使用單核苷酸多型性預(yù)測漢人白血球抗原基因型的試劑盒及其應(yīng)用。針對(duì)亞洲人種的人類白血球抗原基因型(HLA?A、HLA?B、HLA?C、HLA?DPB1、HLA?DQB1、及HLA?DRB1)預(yù)測模型，且預(yù)測結(jié)果已達(dá)到模型的優(yōu)化。本發(fā)明由單核苷酸多型性基因定型預(yù)測亞洲人種典型人類白血球抗原對(duì)偶基因型，準(zhǔn)確率范圍為80.37%(HLA?B)至95.79%(HLA?DQB1)，可達(dá)到高準(zhǔn)確率，此外，使用基因型預(yù)測白血球抗原對(duì)偶基因型的試劑盒可節(jié)省可觀的時(shí)間及花費(fèi)。

1.一種單核苷酸多型性在制備預(yù)測人類白血球抗原基因型試劑盒中的應(yīng)用，其步驟包
含：
(a)提供人類核酸樣本；該人類核酸樣本為亞洲人族群；
(b)判別該人類核酸樣本的單核苷酸多型性集合的基因型，該單核苷酸多型性集合包
含位于一人類白血球抗原基因上的各個(gè)不同的單核苷酸多型性；
(c)使用預(yù)測模型分析步驟(b)中各單核苷酸多型性的基因型以獲得計(jì)算值，其中該預(yù)
測模型是使用單核苷酸多型性基因型來預(yù)測人類白血球抗原對(duì)偶基因；
以及
(d)依據(jù)步驟(c)所獲得的計(jì)算值預(yù)測該人類核酸樣本的人類白血球抗原對(duì)偶基因型；
其中，可預(yù)測之該人類白血球抗原對(duì)偶基因型包括：(1)HLA-A基因、(2)HLA-B基因、(3)
HLA-C基因、(4)HLA-DPB1基因、(5)HLA-DQB1基因或(6)HLA-DRB1基因的基因型；
其特征在于，該(1)HLA-A基因的單核苷酸多型性是由第1單核苷酸多型性集合、第2單
核苷酸多型性集合、第3單核苷酸多型性集合、及第4單核苷酸多型性集合所組成的群組來
預(yù)測，其中
(i)該第1單核苷酸多型性集合是由rs1633085、rs2254071、rs407238、rs9258881、
rs2975046、rs2735096、rs417162、rs9260954、rs6917477、rs6457144、rs9261394、及
rs2523990所組成；
(ii)該第2單核苷酸多型性集合是由rs4122198、rs16895757、rs1632973、rs9357086、
rs11759549、rs3115628、rs3094165、rs2734925、rs2517755、rs2256919、rs11756025、
rs7382061、rs6457144、rs2517646、及rs7744914所組成；
(iii)該第3單核苷酸多型性集合是由rs3094165、rs9258883、rs3132714、rs1611493、
rs2524005、rs2860580、rs12665039、rs6457109、rs3869062、rs3893464、rs5009448、
rs2571375、rs7758512、及rs9261394所組成；
(iv)該第4單核苷酸多型性集合是由rs2523409、rs1611133、rs3115628、 rs2517859、
rs1611732、rs2523998、rs2860580、rs12202296、rs2248153、rs2975046、rs6457109、
rs5009448、rs9260932、及rs6457144所組成；
其中，該(2)HLA-B基因的單核苷酸多型性是由第5單核苷酸多型性集合、第6單核苷酸
多型性集合、第7單核苷酸多型性集合、及第8單核苷酸多型性集合所組成的群組來預(yù)測，其
中
(i)該第5單核苷酸多型性集合是由rs3130944、rs3130532、rs3130534、rs3134762、
rs16899207、rs2524089、rs9366778、rs2524166、rs9295984、rs4394275、rs9378249、
rs2523534、rs9266406、rs2844558、rs5022119rs3099848、rs4081552、rs2848716、
rs2596454、及rs2248462所組成；
(ii)該第6單核苷酸多型性集合是由rs11966319、rs2853948、rs6906846、rs9378228、
rs2524051、rs9366778、rs16867947、rs4394274、rs4394275、rs2523591、rs9501572、
rs7761068、rs2523535、rs9266406、rs5006724、rs13198903、rs9266669、rs9266689、
rs3099849、rs2442749、rs1051796、rs2596464、rs3099836、及rs3131622所組成；
(iii)該第7單核苷酸多型性集合是由rs9264868、rs9264942、rs3094691、rs2156875、
rs2523619、rs2442719、rs2596501、rs2523589、rs2523554、rs2844573、rs9266395、
rs9266440、rs9295986、rs2442749、rs2596560、rs3128982、rs2284178、及rs7758090所組
成；
(iv)該第8單核苷酸多型性集合是由rs3094691、rs7453967、rs4394274、rs4394275、
rs2596509、rs2596501、rs1058026、rs2523591、rs2523589、rs2523554、rs2523545、
rs9501572、rs2844575、rs9266395、rs9266406、rs5006725、rs9295986、rs6933050、
rs4959068、rs5022119、rs13198903、rs9266689、rs2251396、rs1051796、rs3094584、
rs9765960、及rs3128982所組成；
其中，該(3)HLA-C基因的單核苷酸多型性是由第9單核苷酸多型性集合、第10單核苷酸
多型性集合、第11單核苷酸多型性集合、及第12單核苷酸多型性集合所組成的群組來預(yù)測，
其中
(i)該第9單核苷酸多型性集合是由rs2073724、rs3130713、rs3130531、rs3095250、
rs3130532、rs3130534、rs2844615、rs6906846、rs2524067、rs7382297、rs2394963、
rs2524095、rs16899203、rs9366778、rs9295970、及rs2523534所 組成；
(ii)該第10單核苷酸多型性集合是由rs3130712、rs28480108、rs3134762、
rs19966319、rs9264523、rs3132488、rs3134745、rs3130693、rs3132486、rs2853948、
rs6906846、rs9378228、rs6457372、rs2394963、rs2524057、rs12191877、及rs9366776所組
成；
(iii)該第11單核苷酸多型性集合是由rs2516049、rs2858870、rs660895、rs532098、
rs3129763、rs1063355、rs9275141、rs9275184、rs7774434、rs7775228、及rs9275224所組
成；
(iv)該第12單核苷酸多型性集合是由rs9263957、rs9263969、rs3134762、rs11966319、
rs2248880、rs9264532、rs2524099、rs2074488、rs2395471、rs5010528、rs13207315、
rs3132488、rs3130693、rs9391714、rs4386816、rs2524057、rs16899205、及rs9295970所組
成；
其中，該(4)HLA-DPB1基因的單核苷酸多型性是由第13單核苷酸多型性集合、第14單核
苷酸多型性集合、第15單核苷酸多型性集合、及第16單核苷酸多型性集合所組成的群組來
預(yù)測，其中
(i)該第13單核苷酸多型性集合是由rs3128955、rs3130588、rs9277194、rs9348904、
rs9296073、rs2856816、rs3135021、rs1431403、rs3128963、rs3117229、rs7763822、
rs2295120、rs3117242、rs6937034、及rs1003979所組成；
(ii)該第14單核苷酸多型性集合是由rs9296068、rs9277183、rs3135402、rs9348904、
rs2856830、rs9296073、rs2071350、rs1431402、rs1431403、rs9277550、rs3128963、
rs3117229、rs9277567、rs3128918、及rs6937034所組成；
(iii)該第15單核苷酸多型性集合是由rs206769、rs6920606、rs375912、rs1431399、
rs987870、rs3135021、rs9277535、rs9277554、rs10484569、rs2281390、rs3128917、
rs2281388、rs3130215、及rs2269346所組成；
(iv)該第16單核苷酸多型性集合是由rs2216264、rs423639、rs3097669、rs987870、
rs1431402、rs1431403、rs9277378、rs9277535、rs9277550、rs9277554、rs9277565、
rs2281390、rs2281388、rs3130215、rs6937034、rs6937061、及rs2395357所組成；
其中，該(5)HLA-DQB1基因的單核苷酸多型性是由第17單核苷酸多型性 集合、第18單
核苷酸多型性集合、第19單核苷酸多型性集合、及第20單核苷酸多型性集合所組成的群組
來預(yù)測，其中
(i)該第17單核苷酸多型性集合是由rs9269186、rs9270986、rs615672、rs3129768、
rs9272219、rs9272346、rs6908943、rs9275134、rs9469220、rs6457617、rs2647046、
rs2858308、及rs9275418所組成；
(ii)該第18單核苷酸多型性集合是由rs2647073、rs502055、rs3129768、rs9272535、
rs9272723、rs34485459、rs3129716、rs7775228、rs6469219、rs5000634、rs6457617、及
rs9275418所組成；
(iii)該第19單核苷酸多型性集合是由rs2516049、rs2858870、rs660895、rs532098、
rs3129763、rs1063355、rs9275141、rs9275184、rs7774434、rs7775228、及rs9275224所組
成；
(iv)該第20單核苷酸多型性集合是由rs17533090、rs9272219、rs17211510、
rs41269947、rs34485459、rs1063355、rs9275141、rs3129716、rs7774434、rs9405119、
rs9469219、rs9469220、及rs9275224所組成；
其中，該(6)HLA-DRB1基因的單核苷酸多型性是由第21單核苷酸多型性集合、第22單核
苷酸多型性集合、第23單核苷酸多型性集合、及第24單核苷酸多型性集合所組成的群組來
預(yù)測；其中
(i)該第21單核苷酸多型性集合是由rs9268831、rs9268861、rs7747521、rs9268877、
rs9269186、rs2027852、rs615672、rs3129768、rs9272219、rs9272346、rs9275134、
rs7775228、rs9469220、rs6457617、rs2647046、及rs2858308所組成；
(ii)該第22單核苷酸多型性集合是由rs9268877、rs4410767、rs7749092、rs17210980、
rs2647073、rs615672、rs674343、rs502771、rs3997872、rs9271367、rs9271720、rs2187668、
rs34485459、rs3129716、及rs9405119所組成；
(iii)該第23單核苷酸多型性集合是由rs9405098、rs3129871、rs13209234、
rs9268832、rs6903608、rs602875、rs660895、rs9271366、rs3129769、rs17211510、
rs2187668、rs9275141、rs9275184、rs9275383、rs2856717、rs2858305、rs13192471、及
rs3104405所組成；
(iv)該第24單核苷酸多型性集合是由rs2395175、rs9405035、rs9268831、 rs6903608、
rs9268877、rs9269186、rs7749092、rs2027852、rs17210980、rs2516049、rs615672、
rs660895、rs674313、rs502771、rs3997872、rs9271366、rs2187668、rs34485459、
rs9275141、rs7755224、rs3129716、及rs3104404所組成。
2.如權(quán)利要求1所述的應(yīng)用，其中該人類核酸樣本是為漢人族群。