本發(fā)明涉及一種組織樣本中的核酸的局部或空間檢測的方法和產(chǎn)物，尤其是一種對組織樣本中的核酸的局部檢測方法，包括（a）提供包括基板的陣列，所述基板上直接或間接地固定了多種捕獲探針，所述探針每種在所述陣列中各占不同位置，且定向為具有3’自由端，以能以探針作為引物來引導引物延長反應或引物連接反應，其中所述捕獲探針的每種都包括核酸分子，所述核酸分子在5’至3’方向上包括：（i）定位域，所述定位域與陣列上的探針位置相對應，和（ii）捕獲域；（b）令所述陣列與組織樣本相接觸，以使得陣列上的捕獲探針的位置能和組織樣本上的位置相關聯(lián)，并允許組織樣本上的核酸與所述捕獲探針的捕獲域雜交；（c）以所述捕獲探針為延長引物或連接引物，從已捕獲的核酸分子生成DNA分子，其中所述延長后或連接后的DNA分子以定位域標記；（d）可選地，生成所述被標記DNA的互補鏈和/或可選地，擴增所述被標記的DNA；（e）從陣列表面釋放至少部分被標記DNA分子和/或他們的互補鏈或擴增子，其中所述部分包括定位域或其互補鏈；以及（f）直接或間接分析被釋放DNA分子的序列。

1.對包含細胞的組織樣本中的核酸的進行局部檢測的非診斷性方法，所述方法包括：
(a)提供包括基板的陣列，所述基板上直接或間接地固定了多個種類的捕獲探針，每個
種類的捕獲探針在所述陣列中各占不同位置，且定向為具有一3’自由端以使所述探針能作
為引物引導引物延長反應或引物連接反應，其中每個種類的捕獲探針都包括一核酸分子，
所述核酸分子在5’至3’方向上包括：
(i)定位域，該定位域包含與陣列上的捕獲探針的位置相對應的獨一無二的識別碼序
列，和
(ii)捕獲域；
(b)令所述陣列與組織樣本接觸，以使組織樣本相對于所述陣列定向，從而使得捕獲探
針在陣列上的所述不同位置與組織樣本上的位置相關聯(lián)，并允許組織樣本上的核酸與所述
捕獲探針的捕獲域雜交；
(c)以所述捕獲探針作為延長引物或連接引物，從已捕獲的核酸分子上產(chǎn)生經(jīng)延長或
連接的DNA分子，其中所述經(jīng)延長或連接的DNA分子具有所述定位域或其互補鏈作為標記；
(d)可選地，生成被標記的DNA的互補鏈，和/或可選地，擴增被標記的DNA；
(e)(i)從所述陣列的表面釋放所述被標記的DNA分子的至少一部分，其中所述部分包
括所述定位域和所述定位域的3’端方向的全部序列；或
(ii)當執(zhí)行所述生成被標記的DNA的互補鏈的步驟時：
(1)從所述陣列的表面釋放所述被標記的DNA分子的互補鏈的至少一部分，其中所述部
分包括所述定位域互補鏈和所述定位域互補鏈的5’端方向的全部序列；或
(2)從所述陣列的表面釋放所述被標記的DNA分子及其互補鏈的至少一部分，其中所述
部分包括所述定位域和所述定位域的3’端方向的全部序列及其互補鏈；或
(iii)當執(zhí)行所述擴增被標記的DNA的步驟時，從所述陣列的表面釋放所述擴增子的至
少一部分，其中所述部分包括所述定位域和所述定位域的3’端方向的全部序列或其互補
鏈；
(f)直接或間接地分析被釋放的DNA分子的序列；以及
(g)將序列分析信息與所述組織樣本上的位置相關聯(lián)。
2.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(g)包括：將序列分析信息與所述
組織樣本的圖像相關聯(lián)，其中該組織樣本在步驟(c)之前或之后成像。
3.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，該方法作為測定和/或分析組織樣本的轉(zhuǎn)
錄組的方法，其中：
每個種類的捕獲探針均能作為逆轉(zhuǎn)錄酶引物，其中：
步驟(b)包括允許組織樣本上的RNA與所述捕獲探針上的捕獲域雜交；
步驟(c)包括以所述捕獲探針為逆轉(zhuǎn)錄酶引物，從已捕獲的RNA分子合成cDNA分子，且
可選地，擴增所述cDNA分子；
步驟(e)包括從陣列表面釋放至少部分所述cDNA分子和/或其擴增子，其中所述被釋放
的分子可以是第一鏈和/或第二鏈cDNA分子或其擴增子，且其中所述部分包含定位域和所
述定位域的3’端方向的全部序列或其互補鏈；
且可選地
步驟(g)包括將序列分析信息與所述組織樣本的圖像相關聯(lián)，其中該組織樣本在步驟
(c)之前或之后成像。
4.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述捕獲探針是DNA分子。
5.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述捕獲探針進一步包含通用域，所述
通用域在定位域的5’端方向且含有：
(i)擴增域，用于擴增所生成的DNA分子；和/或
(ii)剪切域，用于將所生成的DNA分子從陣列表面釋放。
6.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，其中一個種類的捕獲探針包含具有不
同序列的捕獲域。
7.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述捕獲域包括至少含10個脫氧胸腺
嘧啶核苷殘基的poly-T DNA寡核苷酸和/或隨機或簡并的寡核苷酸序列。
8.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述捕獲域包含針對特定靶基因或靶
基因群的特異性序列。
9.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述捕獲探針以其5’端直接固定于陣
列表面。
10.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述捕獲探針通過與表面探針雜交而
間接固定于陣列表面，其中所述捕獲探針的捕獲域包含上游序列，所述上游序列可與固定
在陣列上的表面探針的5’端雜交。
11.根據(jù)權利要求10所述的方法，其特征在于，所述表面探針的3’端固定在陣列表面。
12.根據(jù)權利要求10所述的方法，其特征在于，所述表面探針包括與下列各項互補的序
列：
(i)所述捕獲域的至少一部分；
(ii)所述定位域；和
(iii)通用擴增域的至少一部分，所述通用擴增域在所述定位域的5’端方向，其包括：
(a)擴增域，用于擴增所述生成的DNA分子；
和/或
(b)剪切域，用于將所述生成的DNA分子從所述陣列的表面釋放。
13.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，在所述被標記的DNA分子從陣列表面釋放
之前或之后，生成所述互補鏈。
14.根據(jù)權利要求3所述的方法，其特征在于，在所述cDNA分子從所述陣列表面釋放之
前或之后，生成所述第二鏈cDNA分子。
15.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述互補鏈合成中采用了隨機引物。
16.根據(jù)權利要求3所述的方法，其特征在于，所述第二鏈cDNA的合成中采用了隨機引
物。
17.根據(jù)權利要求15或16所述的方法，其特征在于，所述隨機引物含有擴增域。
18.根據(jù)權利要求17所述的方法，其特征在于，所述隨機引物的擴增域和捕獲探針的擴
增域含有不同的核酸序列。
19.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，令接合體與被標記分子或其互補鏈的一
端或兩端連接。
20.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，在序列分析前進一步包括對所標記的分
子進行擴增的步驟。
21.根據(jù)權利要求3所述的方法，其特征在于，進一步包括在序列分析前對cDNA分子進
行擴增的步驟。
22.根據(jù)權利要求20所述的方法，其特征在于，所述擴增步驟在被標記的DNA分子從陣
列基板釋放之后實施，或所述擴增步驟在陣列上原位實施。
23.根據(jù)權利要求21所述的方法，其特征在于，所述擴增步驟在被標記的DNA或cDNA分
子從陣列基板釋放之后實施，或所述擴增步驟在陣列上原位實施。
24.根據(jù)權利要求20或21所述的方法，其特征在于，所述擴增步驟包括PCR。
25.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述分子通過如下方法從陣列表面釋
放：
(i)核酸剪切；
(ii)變性；和/或
(iii)物理方法。
26.根據(jù)權利要求25所述的方法，其特征在于，對于(i)，所述分子通過酶切從剪切域釋
放，所述剪切域位于捕獲探針的通用域或定位域中。
27.根據(jù)權利要求25所述的方法，其特征在于，對于(ii)或(iii)，通過將熱水或緩沖液
應用至所述陣列來釋放所述分子。
28.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，在序列分析之前進一步包括對被釋放
的分子進行純化的步驟。
29.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述基板選自下列材料：玻璃、硅、多
聚賴氨酸涂層材料、硝化纖維、聚苯乙烯、環(huán)狀烯烴共聚物(COCs)、環(huán)狀烯烴高分子(COPs)、
聚丙烯、聚乙烯和聚碳酸酯。
30.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述組織樣本為組織切片。
31.根據(jù)權利要求30所述的方法，其特征在于，所述組織切片從固定組織或深度冷凍的
組織制備。
32.根據(jù)權利要求31所述的方法，其特征在于，所述固定組織是以福爾馬林固定并以石
蠟包埋的組織。
33.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，在樣本與陣列接觸之后且步驟(c)之
前，進一步包括給組織樣本補水的步驟。
34.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述組織樣本來自植物、動物或真菌。
35.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，進一步包括洗滌陣列以除去殘余組織
的步驟，該步驟位于從陣列釋放所述分子之前。
36.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述陣列包含至少一個定位標記，來
為陣列上的組織樣本定向。
37.根據(jù)權利要求36所述的方法，其特征在于，所述陣列在陣列表面的不同位置包括至
少10、50、100、200、500、1000或2000個定位標記。
38.根據(jù)權利要求37所述方法，其特征在于，所述定位標記能與帶標記的標記核酸分子
雜交。
39.根據(jù)權利要求38所述的方法，其特征在于，所述標記核酸分子為帶熒光標記的標記
核酸分子。
40.根據(jù)權利要求2或3所述方法，其特征在于，所述組織樣本的成像是利用光、明視場、
暗視場、相位差、熒光、鏡像、干涉或共聚焦顯微鏡或其組合。
41.根據(jù)權利要求40所述的方法，其特征在于，所述組織樣本的成像利用熒光顯微鏡。
42.根據(jù)權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述序列分析步驟包括測序步驟。
43.根據(jù)權利要求42所述的方法，其特征在于，所述測序步驟包括基于可逆染色終止劑
的測序反應。
44.根據(jù)權利要求1或2所述的方法，該方法作為對組織樣本中的DNA進行局部檢測的方
法，其中：
步驟(b)包括允許組織樣本上的DNA與所述捕獲探針的捕獲域雜交；
步驟(c)包括將所述組織樣本中DNA片段化，其中所述片段化步驟實施于步驟(b)中令
陣列與所述組織樣本接觸的之前、之間或之后。
45.根據(jù)權利要求44所述的方法，其特征在于，所述步驟(c)進一步包括：
(i)為所述DNA片段提供能夠與所述捕獲域雜交的結合域；以及
(ii)允許所述DNA片段與所述捕獲探針的捕獲域相雜交。
46.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述陣列基板適用于作為測序平臺。
47.根據(jù)權利要求46所述的方法，其特征在于，所述陣列基板適用于下一代測序技術。
48.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述捕獲探針通過橋式擴增固定在所述
陣列上。
49.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，每種捕獲探針均通過橋式擴增固定在所
述陣列上，以形成局部克隆群落，從而令每種捕獲探針占據(jù)所述陣列基板上的不同位置。
50.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述陣列為微珠陣列。
51.根據(jù)權利要求50所述的方法，其特征在于，每種捕獲探針固定在不同的微珠上，從
而令每種捕獲探針占據(jù)所述陣列基板上的不同位置。