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一種高通量核酸分析方法及其應用

  • 專利類型:發明專利
  • 有效期:不限
  • 發布日期:2021-10-22
  • 技術成熟度:通過小試
交易價格: ¥面議
  • 法律狀態核實
  • 簽署交易協議
  • 代辦官方過戶
  • 交易成功

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  • 技術(專利)類型 發明專利
  • 申請號/專利號 CN201210581830.9 
  • 技術(專利)名稱 一種高通量核酸分析方法及其應用 
  • 項目單位 上海天昊生物科技有限公司
  • 發明人 姜正文,楊鋒 
  • 行業類別 健康產品質檢-標準化和計量
  • 技術成熟度 通過小試
  • 交易價格 ¥面議
  • 聯系人 褚于楮
  • 發布時間 2021-10-22  
  • 01

    項目簡介

    本發明涉及一種高通量基因分析方法及其應用,具體地,包括步驟:對于待分析的n種目的核酸片段,針對每個目的核酸片段,提供結合于所述目的核酸片段的不同結合區的至少2個特異探針,所述的各特異探針具有特異結合區和通用序列區,并且所述的特異結合區的序列與目的核酸片段的結合區的序列互補,而所述通用序列區的序列對應于高通量單分子或單分子擴增簇測序平臺的測序引物序列,其中n為≥40的正整數;將含待分析的目的核酸片段的核酸樣本與所述探針雜交,并連接所述探針,從而獲得探針連接產物的混合物;用所述測序引物對探針連接產物混合物或其擴增產物進行測序,并進行分析,從而實現高通量目的基因片段的定量分析的目的。
    展開
  • 02

    說明書

    1.一種非診斷目的的高通量核酸分析方法,其特征在于,包括步驟:
    (1)對于待分析的n種目的核酸片段,針對每個目的核酸片段,提供結合于所述目的核
    酸片段的不同結合區的至少2個特異探針,所述的各特異探針具有特異結合區和通用序列
    區,并且所述的特異結合區的序列與目的核酸片段的結合區的序列互補,而所述通用序列
    區的序列對應于測序引物的序列,其中n為≥40的正整數;
    (2)將含有待分析的目的核酸片段的核酸樣本與步驟(1)所述的探針雜交,并連接所述
    探針,從而獲得探針連接產物的混合物,其中各探針連接產物的3’和5’端都是序列對應于
    測序引物序列的通用序列區;
    (3)對步驟(2)的探針連接產物的混合物進行測序,和/或分析,從而獲得目的核酸的信
    息;
    其中,每個目的核酸片段對應的2個探針為:5’端探針和3’端探針,所述的5’端探針能
    夠與位于待分析的目的核酸片段3’端的結合區互補,所述的3’端探針能夠與位于待分析的
    目的核酸片段5’端的結合區互補,并且所述的3’端探針的3’端和5’端探針的5’端進行抗核
    酸外切酶的修飾保護;
    并且,在所述步驟(2)中,進行多次變性-復性-連接循環。
    2.如權利要求1所述的方法,其特征在于,所述特異探針還具有選自下組的一個或多個
    特征:
    (1)所述特異探針的長度≤100bp;
    (2)所述特異探針的特異結合區的長度為≤50bp;
    (3)特異探針的通用序列區長度為≥8bp;
    (4)所述特異探針的通用序列區的序列還對應于擴增引物序列;
    (5)所述特異探針包括標簽序列。
    3.如權利要求2所述的方法,其特征在于,所述特異探針的長度為30-70bp。
    4.如權利要求2所述的方法,其特征在于,所述特異探針的長度為40-50bp。
    5.如權利要求2所述的方法,其特征在于,所述特異探針的特異結合區的長度為15-
    35bp。
    6.如權利要求2所述的方法,其特征在于,所述特異探針的特異結合區的長度為20-
    25bp。
    7.如權利要求2所述的方法,其特征在于,特異探針的通用序列區長度為15-35bp。
    8.如權利要求2所述的方法,其特征在于,特異探針的通用序列區長度為20-25bp。
    9.如權利要求1所述的方法,其特征在于,對所述的3’端探針的5’端進行磷酸化修飾。
    10.如權利要求9所述的方法,其特征在于,所述5’端探針或3’端探針的結構如式I所
    示:
    5’-A—L—B-3’
    式I
    在式I中,
    A代表通用序列區;
    B代表特異結合區;
    L代表A與B的核酸連接序列;
    其中,A與B位置可以互換。
    11.如權利要求9或10所述的方法,其特征在于,5’端探針和3’端探針之間的連接關系
    選自以下其中一組:
    (a)5’端探針和3’端探針為緊鄰探針:即所述的5’端探針和3’端探針與待分析的目的
    核酸片段雜交后,二者之間距離0個堿基,在連接酶的作用下進行連接,從而獲得探針連接
    產物;
    (b)5’端探針和3’端探針距離1-500個堿基:所述的5’端探針和3’端探針與待分析的目
    的核酸片段雜交后,在DNA聚合酶和連接酶的作用下進行間隙聚合和連接,從而獲得探針連
    接產物;
    (c)雜交體系除了5’端探針和3’端探針外,還包括探針3,探針3分別與5’端探針和3’端
    探針緊鄰,所述的三個探針與待分析的目的核酸片段雜交后,在連接酶的作用下連接,從而
    獲得探針連接產物。
    12.如權利要求1所述的方法,其特征在于,步驟(2)和步驟(3)之間還包括步驟:對步驟
    (2)的獲得的探針連接產物進行擴增。
    13.如權利要求1所述的方法,其特征在于,在步驟(3)中,用第三代測序技術或第二代
    測序技術對探針連接產物的混合物或其擴增產物進行測序和分析。
    14.如權利要求1所述的方法,其特征在于,在步驟(3)中,所述的獲得目的核酸的信息
    是指任選自下組的一個或多個信息:DNA甲基化信息、突變篩查信息、病原微生物基因信息、
    轉基因動植物產品基因信息、和基因表達水平。
    15.如權利要求1所述的方法,其特征在于,在步驟(3)中,所述的獲得目的核酸的信息
    是指任選自下組的一個或多個信息:CNP分型信息、和CNV信息。
    16.如權利要求1所述的方法,其特征在于,n為≥100的正整數。
    17.一種非診斷目的的檢測CNV的方法,其特征在于,包括步驟:使用權利要求1所述的
    方法對來源于待測樣本的探針連接產物的混合物進行測序和CNV分析,獲得目的核酸的CNV
    信息。
    18.一種非診斷目的的高通量甲基化分析方法,其特征在于,包括步驟:使用權利要求1
    所述的方法對來源于待測樣本的探針連接產物的混合物進行測序和甲基化分析,獲得目的
    核酸的甲基化信息。
    展開

專利技術附圖

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