1.一種檢測基因組DNA羥甲基化的方法,其是RRHP方法的替代方法,該方法包括:
步驟A:用限制性內切酶MspI酶切基因組DNA,得到酶切片段;
步驟B:在所述酶切片段的兩端分別連接P5接頭和P7接頭,得到加接頭的酶切片段,所
述P5接頭是SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列和SEQ IDNO:2所示的核苷酸序列的退火產物,
所述P7接頭是SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列和SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列的退火產
物;
步驟C:對所述加接頭的酶切片段進行糖基化處理,使其中的羥甲基化堿基轉化為糖基
羥甲基化堿基,得到包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段,其中,所述羥甲基化堿基是5-羥甲
基胞嘧啶,所述糖基化處理使用β葡萄糖基轉移酶進行;
步驟D:將所述包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段再次用限制性內切酶MspI酶切,得到
二次酶切產物;
步驟E:對所述二次酶切產物進行PCR擴增,得到測序用DNA文庫;以及
步驟F:對所述測序用DNA文庫進行二代測序,基于測序結果,對所述基因組DNA的羥甲
基化情況進行分析;
該方法不用于人類及動物疾病診斷。
2.一種構建用于檢測基因組DNA羥甲基化的二代測序文庫的方法,其是RRHP方法的替
代方法,該方法包括:
步驟A:用限制性內切酶MspI酶切基因組DNA,得到酶切片段;
步驟B:在所述酶切片段的兩端分別連接P5接頭和P7接頭,得到加接頭的酶切片段,所
述P5接頭是SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列和SEQ IDNO:2所示的核苷酸序列的退火產物,
所述P7接頭是SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列和SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列的退火產
物;
步驟C:對所述加接頭的酶切片段進行糖基化處理,使其中的羥甲基化堿基轉化為糖基
羥甲基化堿基,得到包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段,其中,所述羥甲基化堿基是5-羥甲
基胞嘧啶,所述糖基化處理使用β葡萄糖基轉移酶進行;
步驟D:將所述包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段再次用限制性內切酶MspI酶切,得到
二次酶切產物;以及
步驟E:對所述二次酶切產物進行PCR擴增,得到二代測序用DNA文庫。
3.根據權利要求2所述的方法,其中,在所述步驟D和步驟E之間還包括:
步驟G:對二次酶切產物進行瓊脂糖凝膠電泳,并回收110bp-500bp大小的片段。
4.根據權利要求2所述的方法,其中,在所述步驟A與步驟B之間、步驟B與步驟C之間、步
驟C與步驟D之間、和/或步驟E之后還包括純化步驟。
5.根據權利要求2所述的方法,其中,所述二代測序采用Illumina測序平臺進行。
6.一種用于檢測基因組DNA羥甲基化的試劑盒,其包括:
SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列和SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列、或它們的退火產
物;
SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列和SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列、或它們的退火產
物;以及
用于RRHP方法的試劑,所述用于RRHP方法的試劑選自MspI酶、MspI酶切反應緩沖液、β
葡萄糖基轉移酶、β葡萄糖基轉移酶反應緩沖液、Taq酶、PCR反應緩沖液、以及用于Illumina
平臺測序的試劑;
但,該試劑盒不包括包含雙脫氧核糖核苷酸的接頭。
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