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快速高效檢測基因組DNA羥甲基化的方法及試劑盒

  • 專利類型:發明專利
  • 有效期:不限
  • 發布日期:2022-01-01
  • 技術成熟度:已有樣品
交易價格: ¥面議
  • 法律狀態核實
  • 簽署交易協議
  • 代辦官方過戶
  • 交易成功

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  • 技術(專利)類型 發明專利
  • 申請號/專利號 CN201511001306.X 
  • 技術(專利)名稱 快速高效檢測基因組DNA羥甲基化的方法及試劑盒 
  • 項目單位 安諾優達基因科技(北京)有限公司
  • 發明人 洪燕,徐護朝,王新然,趙紅梅,蘇亞磊,玄兆伶,李大為,梁峻彬,陳重建 
  • 行業類別 智慧健康-其他
  • 技術成熟度 已有樣品
  • 交易價格 ¥面議
  • 聯系人 衛君杰
  • 發布時間 2022-01-01  
  • 01

    項目簡介

    本發明提供一種快速高效地檢測基因組DNA羥甲基化的方法及試劑盒。該方法包括:用限制性內切酶MspI酶切基因組DNA,得到酶切片段;在所述酶切片段的兩端分別連接P5接頭和P7接頭,得到加接頭的酶切片段;對所述加接頭的酶切片段進行糖基化處理,使其中的羥甲基化堿基轉化為糖基羥甲基化堿基,得到包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段;將所述包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段再次用限制性內切酶MspI酶切,得到二次酶切產物;對所述二次酶切產物進行PCR擴增,得到測序用DNA文庫;以及,對所述測序用DNA文庫進行二代測序。與傳統的RRHP方法相比,該方法無需使用包含雙脫氧核糖核苷酸的接頭。
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  • 02

    說明書

    1.一種檢測基因組DNA羥甲基化的方法,其是RRHP方法的替代方法,該方法包括:
    步驟A:用限制性內切酶MspI酶切基因組DNA,得到酶切片段;
    步驟B:在所述酶切片段的兩端分別連接P5接頭和P7接頭,得到加接頭的酶切片段,所
    述P5接頭是SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列和SEQ IDNO:2所示的核苷酸序列的退火產物,
    所述P7接頭是SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列和SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列的退火產
    物;
    步驟C:對所述加接頭的酶切片段進行糖基化處理,使其中的羥甲基化堿基轉化為糖基
    羥甲基化堿基,得到包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段,其中,所述羥甲基化堿基是5-羥甲
    基胞嘧啶,所述糖基化處理使用β葡萄糖基轉移酶進行;
    步驟D:將所述包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段再次用限制性內切酶MspI酶切,得到
    二次酶切產物;
    步驟E:對所述二次酶切產物進行PCR擴增,得到測序用DNA文庫;以及
    步驟F:對所述測序用DNA文庫進行二代測序,基于測序結果,對所述基因組DNA的羥甲
    基化情況進行分析;
    該方法不用于人類及動物疾病診斷。
    2.一種構建用于檢測基因組DNA羥甲基化的二代測序文庫的方法,其是RRHP方法的替
    代方法,該方法包括:
    步驟A:用限制性內切酶MspI酶切基因組DNA,得到酶切片段;
    步驟B:在所述酶切片段的兩端分別連接P5接頭和P7接頭,得到加接頭的酶切片段,所
    述P5接頭是SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列和SEQ IDNO:2所示的核苷酸序列的退火產物,
    所述P7接頭是SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列和SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列的退火產
    物;
    步驟C:對所述加接頭的酶切片段進行糖基化處理,使其中的羥甲基化堿基轉化為糖基
    羥甲基化堿基,得到包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段,其中,所述羥甲基化堿基是5-羥甲
    基胞嘧啶,所述糖基化處理使用β葡萄糖基轉移酶進行;
    步驟D:將所述包含糖基羥甲基化堿基的酶切片段再次用限制性內切酶MspI酶切,得到
    二次酶切產物;以及
    步驟E:對所述二次酶切產物進行PCR擴增,得到二代測序用DNA文庫。
    3.根據權利要求2所述的方法,其中,在所述步驟D和步驟E之間還包括:
    步驟G:對二次酶切產物進行瓊脂糖凝膠電泳,并回收110bp-500bp大小的片段。
    4.根據權利要求2所述的方法,其中,在所述步驟A與步驟B之間、步驟B與步驟C之間、步
    驟C與步驟D之間、和/或步驟E之后還包括純化步驟。
    5.根據權利要求2所述的方法,其中,所述二代測序采用Illumina測序平臺進行。
    6.一種用于檢測基因組DNA羥甲基化的試劑盒,其包括:
    SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列和SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列、或它們的退火產
    物;
    SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列和SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列、或它們的退火產
    物;以及
    用于RRHP方法的試劑,所述用于RRHP方法的試劑選自MspI酶、MspI酶切反應緩沖液、β
    葡萄糖基轉移酶、β葡萄糖基轉移酶反應緩沖液、Taq酶、PCR反應緩沖液、以及用于Illumina
    平臺測序的試劑;
    但,該試劑盒不包括包含雙脫氧核糖核苷酸的接頭。
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專利技術附圖

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