本發明涉及腎癌的熒光原位雜交多克隆分離探針及其試劑盒應用。本發明多克隆分離探針選用的克隆片段分別是RP11-416B14、CTD-2522M13和CTD-2516D6組合，以及CTD-2312C1、CTD-2248C21和RP11-959H17組合。本發明克服了現有技術存在的無法常規對腫瘤細胞行細胞培養至有絲分裂期后再進行核型分析的缺陷。本發明利用FISH技術檢測Xp11.2易位/TFE3基因融合相關性腎癌特有的基因改變從而診斷該腫瘤，該熒光原位雜交多克隆分離探針應用的準確率高、特異性高、成功率高，熒光信號強，操作簡捷，可應用在石蠟切片中，拓展了檢測標本的范圍，極大地優化了Xp11.2易位/TFE3基因融合相關性腎癌的診斷方法。

1.Xp12易位/TFE3基因融合相關性腎癌的熒光原位雜交多克隆分離探針，其特征在于多克隆分離探針選用的克隆片段分別是RP11-416B14、CTD-2522M13和CTD-2516D6組合，以及CTD-2312C1、CTD-2248C21和RP11-959H17組合，其中RP11-416B14、CTD-2522M13和CTD-2516D6組合定位于TFE3端粒側，三者標記為相同的綠色熒光信號，其中CTD-2312C1、CTD-2248C21和RP11-959H17組合定位于TFE3著絲粒側，三者標記為相同的紅色熒光信號。2.Xp11.2易位/TFE3基因融合相關性腎癌的熒光原位雜交多克隆分離探針試劑盒，該試劑盒由探針雜交液以及4′，6-二脒基-2-苯基吲哚復染劑組成，其特征在于：(1)TFE3端粒側BAC克隆片段為RP11-416B14、CTD-2522M13和CTD-2516D6的組合，標記為綠色熒光；TFE3著絲粒側BAC克隆片段為CTD-2312C1、CTD-2248C21和RP11-959H17的組合，標記為紅色熒光；(2)探針雜交液是由所述多克隆分離探針與HumanCot-1DNA、雜交緩沖液、純化水按比例混合配置而成，需要-20℃避光冷凍保存；(3)4′，6-二脒基-2-苯基吲哚復染劑主要用于細胞核DNA染色。