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一種褐潮藻種檢測方法及試劑盒

  • 專利類型:發明專利
  • 有效期:不限
  • 發布日期:2021-10-01
  • 技術成熟度:通過小試
交易價格: ¥面議
  • 法律狀態核實
  • 簽署交易協議
  • 代辦官方過戶
  • 交易成功

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  • 技術(專利)類型 發明專利
  • 申請號/專利號 CN201410818507.8 
  • 技術(專利)名稱 一種褐潮藻種檢測方法及試劑盒 
  • 項目單位 中國環境科學研究院
  • 發明人 王麗平,鄭丙輝 
  • 行業類別 智慧健康-其他
  • 技術成熟度 通過小試
  • 交易價格 ¥面議
  • 聯系人 孫艷
  • 發布時間 2021-10-01  
  • 01

    項目簡介

    本發明涉及一種褐潮藻種檢測方法,包括以下步驟:1)設計并合成特異性引物AanF和AanR和探針Aan probe,AanF的序列為AAAGCTCGTAGTTGGATTCCTGG,AanR的序列為GTGTTCAACGCAGGCTTACG,探針Aan probe的序列為CTTGCGATGGTCTATCCT;2)選擇標準品藻株,并構建重組質粒標準品;3)構建標準曲線;4)引物AanF、引物AanR、探針Aan probe特異性驗證;5)樣品檢測與結果分析。本發明所述的檢測方法可以用于褐潮藻種的定性、定量檢測,具有靈敏度高、重現性好、連續可測、操作簡便、易于控制、分析時間短等優點。
    展開
  • 02

    說明書

    1.一種褐潮藻種檢測方法,其特征在于包括以下步驟:
    1)設計并合成特異性引物AanF、AanR和探針Aan probe;
    所述引物AanF序列為SEQ ID NO.1所示的序列:AAAGCTCGTAGTTGGATTCCTGG;
    所述引物AanR序列為SEQ ID NO.2所示的序列:GTGTTCAACGCAGGCTTACG;
    所述探針Aan probe序列為SEQ ID NO.3所示的序列:CTTGCGATGGTCTATCCT;
    2)構建重組質粒標準品,包括以下步驟:
    a)選擇標準品藻株Aureococcus anophagefferens CCMP1784,培養,獲得標準品藻株
    培養液;
    b)收集步驟a)中標準品藻株培養液,測藻細胞數后過濾,收集藻細胞;
    c)將步驟b)收集的藻細胞提取DNA,并利用引物SSU-F和SSU-R進行PCR擴增后測序驗
    證,當測序結果與預期序列一致后,即得到藻細胞標準品DNA提取液;其中所述引物SSU-F的
    序列為SEQ ID NO.4所示的序列:ACCTGGTTGATCCTGCCAGT;所述引物SSU-R的序列為SEQ ID
    NO.5所示的序列:TCACCTACGGAAACCTTGT;
    d)以步驟c)得到的藻細胞標準品DNA提取液為模板、利用引物AanF和引物AanR進行PCR
    擴增,純化,得到純化后的PCR產物;利用純化后的PCR產物構建重組質粒,得到重組質粒標
    準品;
    3)構建標準曲線:構建重組質粒標準品的Ct-質粒拷貝數標準曲線,構建藻細胞標準品
    DNA提取液的Ct-藻細胞數標準曲線,通過上述兩個標準曲線獲得重組質粒標準品的質粒拷
    貝數-藻細胞數標準曲線;
    4)引物AanF、引物AanR、探針Aan probe特異性驗證;
    5)檢測樣品和結果分析:提取待測樣品中的DNA,以待測樣品DNA提取液為模板,利用引
    物AanF、引物AanR和探針Aan Probe進行熒光定量PCR擴增,得到Ct值,根據步驟3)所述的
    Ct-質粒拷貝數標準曲線、Ct-藻細胞數標準曲線、質粒拷貝數-藻細胞數標準曲線來計算藻
    細胞數,將藻細胞數除以待測樣品的體積,得到藻細胞密度。
    2.根據權利要求1所述的褐潮藻種檢測方法,其特征在于在步驟3)中,所述構建標準曲
    線的方法包括以下步驟:
    a)將步驟2)得到的重組質粒標準品,稀釋成不同濃度,分別以不同濃度的重組質粒標
    準品為模板,利用引物AanF、引物AanR、探針Aan probe進行熒光定量PCR擴增,得到第一Ct
    值;以質粒拷貝數的對數值與所述第一Ct值進行線性回歸分析,獲得Ct-質粒拷貝數標準曲
    線;
    b)將步驟2)得到的藻細胞標準品DNA提取液稀釋成不同濃度,作為模板,利用引物
    AanF、引物AanR、探針Aan probe進行熒光定量PCR擴增,得到第二Ct值;將藻細胞數的對數
    值與所述第二Ct值進行線性回歸分析,獲得Ct-藻細胞數標準曲線;
    c)根據步驟a)中獲得的Ct-質粒拷貝數標準曲線和步驟b)中獲得的Ct-藻細胞數標準
    曲線,最后得到質粒拷貝數-藻細胞數標準曲線。
    3.根據權利要求1所述的褐潮藻種檢測方法,其特征在于,在步驟4)中所述引物和探針
    特異性驗證的方法為:分別提取中肋骨條藻、三角褐指藻、海洋小球藻和海洋原甲藻中的
    DNA,分別以雙蒸水、中肋骨條藻DNA提取液、三角褐指藻DNA提取液、海洋小球藻DNA提取液
    和海洋原甲藻DNA提取液為陰性對照,以引物AanF、引物AanR和探針Aan Probe進行熒光定
    量PCR擴增,當檢測不到擴增曲線時,說明所用引物和探針不能用于這些樣品的檢測。
    4.根據權利要求1所述的褐潮藻種檢測方法,其特征在于,在步驟5)中,所述檢測樣品
    和結果分析方法,包括以下步驟:
    a)提取待測樣品DNA:采集表層水樣,記錄待測樣品的體積,過濾,收集藻細胞;提取收
    集的藻細胞的DNA,利用瓊脂糖凝膠電泳檢測,分裝,保存,作為待測樣品DNA提取液;
    b)以步驟a)得到的待測樣品DNA提取液為模板,以引物AanF、引物AanR和探針Aan
    Probe進行熒光定量PCR擴增,得到Ct值,根據步驟3)得到的Ct-質粒拷貝數標準曲線、Ct-藻
    細胞數標準曲線、質粒拷貝數-藻細胞數標準曲線,計算待測樣品中的藻細胞數,除以待測
    樣品的體積,得到藻細胞密度。
    5.一種利用權利要求1所述的褐潮藻種檢測方法制備的褐潮藻種檢測試劑盒,其特征
    在于,包括:重組質粒標準品、藻細胞標準品DNA提取液、引物AanF、引物AanR、引物SSU-F、引
    物SSU-R、探針Aan probe、陰性對照,和熒光定量PCR擴增試劑。
    6.根據權利要求5所述的褐潮藻種檢測試劑盒,其特征在于,所述熒光定量PCR擴增試
    劑包括:2×PROBE FAST qPCR Master Mix Universal、ROX校正染料,和PCR級無菌水。
    7.根據權利要求5所述褐潮藻種檢測試劑盒,其特征在于,所述陰性對照為雙蒸水、中
    肋骨條藻DNA提取液、三角褐指藻DNA提取液、海洋小球藻DNA提取液,和海洋原甲藻DNA提取
    液。
    8.一種利用權利要求5-7任一項所述的褐潮藻種檢測試劑盒在褐潮藻種定性和/或定
    量檢測中的應用。
    展開

專利技術附圖

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