1.用于多重熒光PCR反應高特異性擴增HLA-B*15:02等位基因的特異性引物探針組合,
其特征在于,包括以下引物和探針序列:
第一條上游引物Fp1:5’-GACCGGACCACACAGATCCC-3’
第一條下游引物Rp1:5’-ATGGGGAGTCGTGACCTG-3’
第一條探針probe1:5’-HEX-ACCTGCGCGGCTACTACAACC-BHQ2-3’;
第二條上游引物Fp2:5’-TGATGTGTAGGAGGAAGAGC-3’
第二條下游引物Rp2:5’-AACCATCAAGGCGATACATGTG-3’
第二條探針probe2:5’-Cy5-TGTGAGGATGCTTCCCA-BHQ2-3’
其中,HEX為6-carboxy-hexachlorofluorescein;Cy5為Cyanine5;BHQ2為Black Hole
Quencher-2。
2.一種檢測HLA-B*15:02等位基因的TaqMan探針實時熒光PCR方法,用于非疾病診斷目
的,主要包括以下環節:
(1)針對HLA-B*15:02等位基因的序列特點,設計特異性引物和探針,即權利要求1所述
的引物探針組合;并設計內參基因的引物和探針;
(2)獲得抽提的待測樣本基因組DNA;
(3)在同一個反應體系中,將待測樣本基因組DNA與所述引物探針組合以及內參基因的
引物和探針按照確定比例混合;
(4)通過Applied Biosystem 7500或者LightCycler System480進行實時定量熒光PCR
檢測,其中分別利用FAM通道、HEX/VIC通道和Cy5通道進行多熒光通道信號采集;
(5)分析判斷待測樣本是否攜帶HLA-B*15:02等位基因。
3.根據權利要求2所述的檢測HLA-B*15:02等位基因的TaqMan探針實時熒光PCR方法,
其特征在于,設計內參基因β-Actin引物和探針為:
上游引物Actin-F:5’-CAGCAGATGTGGATCAGCAAG-3’
下游引物Actin-R:5’-GCATTTGCGGTGGACGAT-3’
探針probe:5’-FAM-AGGAGTATGACGAGTCCGGCCCC–BHQ2-3’
其中,FAM為6-carboxyfluorescein。
4.根據權利要求3所述的檢測HLA-B*15:02等位基因的TaqMan探針實時熒光PCR方法,
其特征在于:使用Premix Ex Taq試劑盒(TaKaRa)進行擴增,所述反應體系以20μL計,則包
括:10μL Premix Ex Taq(2×),HLA-B*15:02特異性第一條上游引物Fp1:50nM,第一條下游
引物Rp1:50nM,第一條特異性探針probe1:50nM,第二條上游引物Fp2:100nM,第二條下游引
物Rp2:100nM,第二條特異性探針probe2:50nM以及β-Actin基因特異性上游引物Fp:50nM,
下游引物Rp:50nM,探針probe:50nM;然后加入待測樣本基因組DNA約10ng,補充PCR等級的
水至終體積20μL;擴增程序為:95℃預變性30s;95℃5s~10sec,60℃34s~40sec,共計35~
40個循環。
5.根據權利要求4所述的檢測HLA-B*15:02等位基因的TaqMan探針實時熒光PCR方法,
其特征在于:目的基因和內參基因的特異性引物和探針在熒光PCR儀上加入同一管中進行
擴增,但是用三個通道進行熒光的采集;內參基因作為質控,必須出現熒光擴增曲線;在內
參基因觀察到擴增曲線的前提下,特異性探針必須同時擴增出具有設定熒光值的熒光曲
線,則判定待測樣本攜帶有HLA-B*15:02等位基因。
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