本發(fā)明涉及一種用于癌癥中基因啟動(dòng)子的超甲基化的新型標(biāo)記物。更具體地說(shuō)，本發(fā)明涉及一種確定在呼吸消化系統(tǒng)內(nèi)是否發(fā)生腫瘤，或者對(duì)所述腫瘤進(jìn)行治療后受試者是否復(fù)發(fā)的方法。本方法包括測(cè)定選自由CNRIP1、SPG20、FBN1、SNCA和INA所組成的組中一個(gè)或多個(gè)的基因的啟動(dòng)子區(qū)域、第一外顯子或內(nèi)含子中核酸序列中的甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)。本方法還涉及用來(lái)測(cè)定呼吸消化道中的腫瘤的診斷試劑盒。

1.與CNRIP1基因的啟動(dòng)子區(qū)域中核酸序列互補(bǔ)的一個(gè)或多個(gè)寡核苷酸
引物或一組或多組寡核苷酸引物在制備測(cè)定受試者是否已經(jīng)發(fā)生、正在發(fā)生、
易于發(fā)生結(jié)腸直腸癌癥、或者在結(jié)腸直腸癌癥的治療后是否復(fù)發(fā)的試劑盒中的
應(yīng)用，所述CNRIP1基因由ensembl基因編號(hào)ENSG00000119865、entrez編號(hào)
25927所確定，該應(yīng)用包括以下步驟：
a)測(cè)定從所述受試者獲得的樣品中的CNRIP1的啟動(dòng)子區(qū)域中核酸序列
中的甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，
b)與參照物比較所述甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位
點(diǎn)的甲基化狀態(tài)；和
c)如果甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的甲基化狀
態(tài)高于參照物的甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的甲基化
狀態(tài)，則將所述受試者確定為可能：發(fā)生了、正在發(fā)生或易于發(fā)生所述癌癥、
或在所述癌癥治療后復(fù)發(fā)，如果甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG
位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)低于所述參照物的甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量
或CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，則將所述受試者確定為不太可能：發(fā)生了、正在
發(fā)生或易于發(fā)生所述癌癥、或在所述癌癥治療后復(fù)發(fā)。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的應(yīng)用，其中，通過(guò)亞硫酸氫鹽測(cè)序、定量和/或
定性的甲基化特異性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)、焦磷酸測(cè)序、DNA印跡法、限制性界
標(biāo)基因組掃描、單核苷酸引物延伸、CpG島微陣列、SNUPE、聯(lián)合亞硫酸氫
鈉限制性內(nèi)切酶分析法、質(zhì)譜，通過(guò)使用甲基特異性限制酶，通過(guò)測(cè)量所述基
因的表達(dá)水平或它們的結(jié)合來(lái)對(duì)甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或
CpG位點(diǎn)甲基化狀態(tài)進(jìn)行測(cè)定。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的應(yīng)用，其中，所述甲基特異性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)
包括使用能夠與這樣的核酸序列雜交的核酸引物：該核酸序列包括2個(gè)CpG
位點(diǎn)和不在CpG位點(diǎn)內(nèi)的胞嘧啶殘基。
4.根據(jù)權(quán)利要求1-3中任意一項(xiàng)所述的應(yīng)用，其中，樣品得自血液、糞便、
尿液、胸水、膽汁、支氣管液、口腔洗出液、組織活檢、腹水、膿、腦脊髓液、
抽出物、濾泡液、組織或粘液。
5.根據(jù)權(quán)利要求1-3中任意一項(xiàng)所述的應(yīng)用，其中，將該甲基化水平、甲
基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)與至少一個(gè)附加標(biāo)記物相組
合。
6.SEQ ID NO.:7所定義的核酸序列在制備測(cè)定受試者是否已經(jīng)發(fā)生、正
在發(fā)生或易于發(fā)生結(jié)腸直腸癌癥、或者受試者在結(jié)腸直腸癌癥治療后是否復(fù)發(fā)
的試劑中的應(yīng)用，該應(yīng)用包括以下步驟：
a)測(cè)定從所述受試者獲得的樣品中的核酸序列中的甲基化水平、甲基化
的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，所述核酸序列含有選自由以下
所組成的組中的序列：
1)由SEQ ID NO.:7所定義的核酸序列；
2)與所述1)中所定義的序列互補(bǔ)的核酸序列；
b)與參照物比較甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的
甲基化狀態(tài)；和
c)如果甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的甲基化狀
態(tài)高于參照物的甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的甲基化
狀態(tài)，則將所述受試者確定為可能：發(fā)生了、正在發(fā)生或易于發(fā)生所述癌癥、
或在所述癌癥治療后復(fù)發(fā)，如果甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG
位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)低于所述參照物的甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量
或CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，則將所述受試者確定為不太可能：發(fā)生了、正在
發(fā)生或易于發(fā)生所述癌癥、或在所述癌癥治療后復(fù)發(fā)。
7.與CNRIP1基因的核酸序列互補(bǔ)的一個(gè)或多個(gè)寡核苷酸引物或一組或
多組寡核苷酸引物在制備用來(lái)測(cè)定癌癥的診斷試劑盒中的應(yīng)用，所述CNRIP1
基因由ensembl基因編號(hào)ENSG00000119865、entrez編號(hào)25927所確定，其中，
對(duì)甲基化水平、甲基化的CpG位點(diǎn)的數(shù)量或CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)進(jìn)行評(píng)價(jià)，
作為受試者是否發(fā)生了、正在發(fā)生或易于發(fā)生結(jié)腸直腸癌癥、或者受試者在結(jié)
腸直腸癌癥的治療后是否復(fù)發(fā)的指示物。