本發明涉及用于檢測基因融合突變的引物/探針組合、試劑盒及其使用方法。其中，所述引物/探針組合包括下組中的至少一種、兩種或三種：用于檢測ALK基因融合突變的引物/探針組1，所述引物/探針組1包括引物1～8和探針1～2；用于檢測RET基因融合突變的引物/探針組2，所述引物/探針組2包括引物9～13和探針3；用于檢測ROS1基因融合突變的引物/探針組3，所述引物/探針組3包括引物14～21和探針4～6。本發明所述引物/探針組合、試劑盒及其使用方法能夠實現在單一檢測孔中同時檢測cfRNA樣本中ALK基因9種融合突變，或RET基因4種融合突變，或ROS1基因的9種融合突變，具有特異性好、靈敏度高，檢測準確等優點。

1.用于檢測基因融合突變的引物/探針組合，其特征在于，所述引物/探針組合包括：用于檢測ALK基因融合突變的引物/探針組1，所述引物/探針組1包括引物1～8和探針1～2，其中，所述引物1～8的核苷酸序列分別如SEQ ID NO.19～20、30～31、23、32、25、27所示，所述探針1～2的核苷酸序列分別如SEQ ID NO.28～29所示。2.根據權利要求1所述的引物/探針組合，其特征在于，所述引物/探針組合還包括：用于檢測RET基因融合突變的引物/探針組2，所述引物/探針組2包括引物9～13和探針3，其中，所述引物9～13的核苷酸序列分別如SEQ ID NO.33～37所示，所述探針3的核苷酸序列如SEQ ID NO.38所示；用于檢測ROS1基因融合突變的引物/探針組3，所述引物/探針組3包括引物14～21和探針4～6，其中，所述引物14～21的核苷酸序列分別如SEQ ID NO.39～43、45～46、48所示，所述探針4～6的核苷酸序列分別如SEQ ID NO.44、47、49所示。3.根據權利要求1所述的引物/探針組合，其特征在于，所述引物/探針組合還包括用于檢測HPRT1基因的引物/探針組4，所述引物/探針組4包括引物22～23和探針7，其中，所述引物22～23的核苷酸序列分別如SEQ ID NO.13～14所示，所述探針7的核苷酸序列如SEQ IDNO.15所示。4.根據權利要求3所述的引物/探針組合，其特征在于，所述探針1～2標記有熒光標記A。5.根據權利要求4所述的引物/探針組合，其特征在于，所述探針7標記有熒光標記B，所述熒光標記A與所述熒光標記B不同。6.根據權利要求5所述的引物/探針組合，其特征在于，所述熒光標記A為FAM，所述熒光標記B為VIC。7.根據權利要求2所述的引物/探針組合，其特征在于，所述引物/探針組合還包括用于檢測HPRT1基因的引物/探針組4，所述引物/探針組4包括引物22～23和探針7；其中，所述引物22～23的核苷酸序列分別如SEQ ID NO.13～14所示，所述探針7的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示。8.根據權利要求7所述的引物/探針組合，其特征在于，所述探針1～2、所述探針3和/或所述探針4～6標記有熒光標記A。9.根據權利要求8所述的引物/探針組合，其特征在于，所述探針7標記有熒光標記B，所述熒光標記A與所述熒光標記B不同。10.根據權利要求9所述的引物/探針組合，其特征在于，所述熒光標記A為FAM，所述熒光標記B為VIC。11.根據權利要求1～10任一項所述的引物/探針組合，其特征在于，每組中各引物與各探針的摩爾比均為(5～15):(2～3)。12.根據權利要求11所述的引物/探針組合，其特征在于，每組中各引物與各探針的摩爾比為4:1。13.一種用于檢測基因融合突變的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括權利要求1～12任一項所述的引物/探針組合。14.根據權利要求13所述試劑盒，其特征在于，所述試劑盒還包括其他輔助檢測試劑。15.根據權利要求14所述試劑盒，其特征在于，所述其他輔助檢測試劑包括以下一種或者多種：Taq酶、dNTPs、緩沖液、水、陰性質控品和陽性質控品。16.根據權利要求15所述試劑盒，其特征在于，所述Taq酶、dNTPs和緩沖液混合為單試劑。17.根據權利要求15或16所述試劑盒，其特征在于，所述緩沖液中包括Tris·Cl、K⁺和Mg²⁺。18.根據權利要求17所述試劑盒，其特征在于，所述K⁺由KCl提供，所述Mg²⁺由MgSO₄和MgCl₂提供。19.權利要求1～12任一項所述的引物/探針組合或權利要求13～18任一項所述試劑盒的非診斷使用方法，其特征在于，所述方法包括：(1)使用權利要求1～12任一項所述的引物/探針組合或權利要求13～18任一項所述試劑盒對樣本進行數字PCR反應；(2)根據所述數字PCR的擴增結果，判讀樣本是否發生基因融合突變。20.根據權利要求19所述的使用方法，其特征在于，所述數字PCR的反應體系包括：500nM～1500nM引物1～8和200～300nM探針1～2；和/或，500nM～1500nM引物22～23和200～300nM探針7。21.根據權利要求19所述的使用方法，其特征在于，所述數字PCR的反應體系包括：1000nM所述引物1～8和250nM所述探針1～2；和/或，1000nM引物22～23和250nM探針7；其中，所述引物22～23的核苷酸序列分別如SEQ ID NO.13～14所示，所述探針7的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示。22.根據權利要求19所述的使用方法，其特征在于，所述數字PCR的擴增程序包括：92～97℃預變性5～15分鐘；聚合酶鏈式反應擴增階段，92～97℃變性10～60s，50～60℃退火并延伸45～90s，所述擴增階段循環30～50次。23.根據權利要求22所述的使用方法，其特征在于，所述數字PCR的擴增程序包括：所述數字PCR的擴增程序包括：95℃預變性10分鐘，聚合酶鏈式反應擴增階段，95℃變性30s，55.5℃退火并延伸60s，所述擴增階段循環40次。24.根據權利要求19～23任一項所述的使用方法，其特征在于，所述樣本為血清、血漿、尿液、胸腹水或腦脊液。