本發明公開了一種利用液相捕獲進行大黃魚基因組基因分型的方法，包括以下步驟：對大黃魚進行全基因組重測序，并進行大黃魚全基因組SNP/InDel挖掘，提供高質量的SNP標記位點；篩選利用大黃魚的全基因組重測序挖掘到的SNP標記，用于設計探針；利用大黃魚的全基因組構建大黃魚基因組文庫；利用液相捕獲大黃魚基因組片段；對捕獲大黃魚基因組片段進行高通量測序與SNP/InDel基因分型。本發明有效地避免了全基因簡化基因組分型技術可能導致的標記密度不均勻和大部分來自非編碼區標記的問題。本發明設計4條探針，有效的提高了每個SNP所在序列的雜交的特異性，提高了片段捕獲的效率；在大黃魚特定標記的SNP大規模分型上具有重要的應用。

1.一種利用液相捕獲進行大黃魚基因組基因分型的方法，其特征在于，包括以下步驟：1)對大黃魚進行全基因組重測序，并進行大黃魚全基因組SNP/InDel挖掘，提供高質量的SNP標記位點；2)篩選利用大黃魚的全基因組重測序挖掘到的SNP標記，用于設計探針；3)利用大黃魚的基因組DNA構建大黃魚基因組文庫；4)利用設計的探針捕獲富集要求的基因組DNA片段；5)對捕獲大黃魚基因組片段進行高通量測序與SNP/InDel基因分型。2.根據權利要求1所述的利用液相捕獲進行大黃魚基因組基因分型的方法，其特征在于，所述步驟1)中，充分利用大黃魚不少于1個個體混合基因組重測序數據，使用SOAPaligner將測序讀段比對到大黃魚參考基因組序列上；使用SOAPsnp軟件進行全基因組的SNP挖掘，只保留高質量的SNP位點用于后續分析，其中高質量的SNP位點的質量值≥20，深度≥10。3.根據權利要求1所述的利用液相捕獲進行大黃魚基因組基因分型的方法，其特征在于，所述步驟2)中SNP標記位點用于篩選大黃魚的SNP捕獲位點，篩選的原則是：(1)保證SNP標記在全基因組均勻分布；(2)篩選的SNP標記前后100bp沒有其他的SNP標記干擾；(3)篩選的SNP有一半來自于蛋白編碼基因和miRNA，另一半來自于全基因組非編碼區；(4)保證每個基因都能捕獲其中的一個外顯子；以每個SNP標記位點為中心，在其四周設計4條相互重疊的探針，最大限度地保證捕獲到的序列能夠覆蓋SNP標記位點。4.根據權利要求1所述的利用液相捕獲進行大黃魚基因組基因分型的方法，其特征在于，步驟3)中，大黃魚基因組文庫構建：采用超聲波打斷的方法，對大黃魚的基因組DNA進行片段化，并通過末端補平，獲得大黃魚基因組文庫。5.根據權利要求1所述的利用液相捕獲進行大黃魚基因組基因分型的方法，其特征在于，所述步驟4)中將含有生物素的探針和鏈霉親和素覆蓋的磁珠混合，通過探針上的生物素和鏈霉親和素的結合被吸附到磁珠上；通過洗脫處理得到富集要求的大黃魚基因組DNA片段。6.根據權利要求1所述的利用液相捕獲進行大黃魚基因組基因分型的方法，其特征在于，所述步驟5)中捕獲的大黃魚基因組片段加上測序接頭和樣本特異標簽后，利用PCR進行片段擴增；擴增產物利用高通量測序平臺進行測序；測序數據通過SOAPaligner和SOAPsnp軟件處理后得到個體特定位點的SNP/InDel基因分型。