本發明涉及一種編碼巖藻多糖糖苷水解酶的核苷酸序列及其應用，所述核苷酸序列為SEQ ID NO.1，其編碼的蛋白含有529個氨基酸，氨基酸序列為SEQ ID NO.2，預測蛋白分子量為58.8kDa。本發明通過對編碼巖藻多糖水解酶的基因GenBank No：AJ877239進行密碼子優化，優化后共有1599bp個堿基，載入克隆載體為pET28a中，使優化的巖藻多糖水解酶的基因可以在大腸桿菌BL21中表達，獲得了一種能夠高效，專一水解巖藻多糖的糖苷水解酶，為巖藻多糖水解提供了一種生物降解酶。

1. 一種編碼巖藻多糖糖苷水解酶的核苷酸，其特征在于，所述核苷酸序列為SEQ IDNO.1。2.含有如權利要求1所述編碼巖藻多糖糖苷水解酶的核苷酸序列的片段、質粒或者菌株。3.如權利要求1所述編碼巖藻多糖糖苷水解酶的核苷酸序列編碼的蛋白。4.如權利要求1所述編碼巖藻多糖糖苷水解酶的核苷酸序列在制備巖藻多糖糖苷水解酶中的應用。5.如權利要求2所述含有編碼巖藻多糖糖苷水解酶的核苷酸序列的片段、質粒或者菌株在制備巖藻多糖糖苷水解酶中的應用。6.如權利要求3所述編碼巖藻多糖糖苷水解酶的核苷酸序列編碼的蛋白在制備巖藻多糖糖苷水解酶中的應用。