本發(fā)明公開了一種試劑盒，其包括探針，所述探針固定在固相基質(zhì)上或者游離于液相中，所述探針能夠特異性識別X染色體上的特定的29個基因的外顯子區(qū)和X染色體上的至少一個其它區(qū)域，所有的探針能夠特異性識別的X染色體上的區(qū)域中的任兩個相鄰區(qū)域在X參考染色體上的距離不大于10M，所述探針能夠特異性識別Y染色體上SRY基因的外顯子區(qū)和Y染色體上的至少一個其它區(qū)域，所有的探針能夠特異性識別的Y染色體上的區(qū)域中的任兩個相鄰區(qū)域在Y參考染色體上的距離不大于10M。同時，本發(fā)明還公開了試劑盒在檢測性發(fā)育相關(guān)基因中的用途、一種檢測SRY基因變異的方法、一種檢測SRY基因變異的裝置和一種檢測性發(fā)育相關(guān)基因變異的方法。

1.一種檢測SRY基因變異的裝置，其特征在于，包括，核酸獲取單元，用于獲取待測樣本核酸；測序單元，用于對來自核酸獲取單元的核酸中的目標區(qū)域進行測序，獲得測序數(shù)據(jù)，所述測序數(shù)據(jù)由多個讀段組成，所述目標區(qū)域是使用試劑盒捕獲所述核酸獲得的；第一比對單元，用于將來自測序單元的測序數(shù)據(jù)與第一參考序列比對，獲得第一比對結(jié)果；計算單元，用于基于來自第一比對單元的第一比對結(jié)果，計算X染色體和Y染色體的測序深度，以及任選的計算常染色體的測序深度，X染色體的測序深度＝比對上X染色體目標區(qū)域的讀段數(shù)目/X染色體目標區(qū)域的大小，Y染色體的測序深度＝比對上Y染色體目標區(qū)域的讀段數(shù)目/Y染色體目標區(qū)域的大小，常染色體的測序深度＝比對上常染色體目標區(qū)域的讀段數(shù)目/常染色體目標區(qū)域的大小；檢測單元，用于比較來自計算單元的Y染色體測序深度和X染色體測序深度，任選的用于比較來自計算單元的Y染色體測序深度和常染色體測序深度，用于執(zhí)行以下(i)或(ii)程序以檢測SRY基因變異，(i)當Y染色體測序深度小于1/5的X染色體測序深度，和/或Y染色體測序深度小于1/10的常染色體測序深度時，將來自測序單元的測序數(shù)據(jù)與第二參考序列比對，獲得第二比對結(jié)果，將所述第二比對結(jié)果中的未比對上所述第二參考序列的讀段與第三參考序列比對，獲得第三比對結(jié)果，基于所述第三比對結(jié)果，檢測SRY基因變異；(ii)當Y染色體測序深度不小于1/5的X染色體測序深度，和/或Y染色體測序深度不小于1/10的常染色體測序深度時，基于來自第一比對單元的第一比對結(jié)果，檢測SRY基因變異；其中，所述第一參考序列包括X染色體、Y染色體和常染色體的參考序列，所述第二參考序列為X染色體參考序列和常染色體參考序列，所述第三參考序列為Y染色體參考序列；(i)中的基于第三比對結(jié)果檢測SRY基因變異包括，基于所述第三比對結(jié)果中的比對到SRY基因參考序列的讀段的信息，計算SRY基因的覆蓋度和/或SRY基因的測序深度，當所述SRY基因覆蓋度不小于90％和/或所述測序深度不小于1/10的常染色體測序深度時，判定存在SRY基因陽性變異，其中，所述SRY基因的覆蓋度＝有讀段比對上的SRY基因參考序列的區(qū)域的大小/SRY基因的大小，所述SRY基因的測序深度＝比對上SRY基因的讀段數(shù)目/SRY基因的大小；其中：所述試劑盒包括探針，所述探針固定在固相基質(zhì)上或者游離于液相中，所述探針能夠特異性識別X染色體上的以下29個基因的外顯子區(qū)：CUL4B、OCRL、OFD1、OPHN1、SMS、GK、SOX3、AR、ARX、HCCS、MAMLD1、PHF6、ATRX、HDAC8、POF1B、MBTPS2、MECP2、MED12、MID1、BMP15、NAA10、BRWD3、FGD1、IGSF1、FLNA、NR0B1、KAL1、KDM5C和NSDHL，和X染色體上的至少一個其它區(qū)域；以及所述探針能夠特異性識別Y染色體上SRY基因的外顯子區(qū)，和Y染色體上的至少一個其它區(qū)域。2.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述探針能夠特異性識別X染色體上的與每個所述29個基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，所有的所述探針能夠特異性識別的X染色體上的區(qū)域中的任兩個相鄰區(qū)域在X參考染色體上的距離不大于10M。3.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述探針能夠特異性識別Y染色體上的與SRY基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，所有的所述探針能夠特異性識別的Y染色體上的區(qū)域中的任兩個相鄰區(qū)域在Y參考染色體上的距離不大于10M。4.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述探針能夠特異性識別每5-10M所述X參考染色體區(qū)域中的至少一部分，和/或所述探針能夠特異性識別每5-10M所述Y參考染色體區(qū)域中的至少一部分。5.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述X染色體上的至少一個其它區(qū)域包括以下X染色體上的15個基因的外顯子區(qū)：GATA1、KLHL4、DGKK、DIAPH2、EBP、MTCP1、HPRT1、MTM1、BRCC3、USP26、BCOR、ZXDA、RAB40AL、CHRDL1和FMR1，任選的，包括與每個所述15個基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，和/或所述Y染色體上的至少一個其它區(qū)域包括以下Y染色體上的5個基因的外顯子區(qū)：KDM5D、PCDH11Y、DDX3Y、EIF1AY和USP9Y。6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的裝置，其特征在于，包括與每個所述5個基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)。7.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述探針能夠特異性識別至少一個常染色體基因的至少一部分。8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的裝置，其特征在于，至少一個常染色體基因的至少一部分包括以下常染色體基因的外顯子區(qū)：AGPAT2、GADD45G、SLC39A4、AIP、CUL7、KIAA1267、SMARCA2、AIRE、CYB5A、GATA3、KIF7、AKAP2、CYB5R3、GATA4、KISS1、ORC1、SNAP29、AKR1C2、CYP11A1、GDF9、KISS1R、OTX2、SNRPN、AKR1C4、CYP11B1、GHR、PAPSS2、SOS1、ALMS1、CYP11B2、KRAS、PAX2、SOX10、ALX4、CYP17A1、GLI3、LEP、SOX2、AMH、CYP19A1、GNAS、LEPR、PCSK1、AMHR2、CYP21A2、GNRH1、LHB、PEX1、SOX8、CYP3A7、GNRHR、LHCGR、PEX12、SOX9、ARID1B、DAZ1、GPC6、LHX1、PEX14、SPATA17、ARID5B、DBH、GSTM1、LHX3、PEX2、SPATA4、ARL6、DCAF17、GSTT1、LHX4、PEX26、SRD5A1、H19、LHX9、PEX3、SRD5A2、ATF3、H6PD、LMNA、PEX5、ATPAF2、DHCR7、HARS2、LZTFL1、PEX6、STAR、ATR、DHH、STK11、MAP2K1、PITX2、STRA6、BBS1、DIS3L2、HESX1、MAP31、PMM2、SULT2A1、BBS10、DMRT1、HFE、MAP3K4、TAC3、BBS12、DMRT2、HHIP、MAPK1、POLG、TACR3、BBS2、DMRT3、HNF1B、MAPK14、POLR3A、TBCE、BBS4、DOCK8、HOXA10、POR、TBX1、BBS5、DPAGT1、HOXA11、POU1F1、TBX3、BBS7、EBF2、HOXA13、PPARG、TGFB1、BBS9、HOXA4、PPP1R3A、TGFBR3、BLM、HOXA9、MKKS、PRKAR1A、TMEM67、EIF2B1、HOXB6、MKS1、PROK2、TNXB、BMP2、EIF2B2、HOXC13、MLL2、PROKR2、TP63、BMP4、EIF2B3、HOXD13、PROP1、TRIM32、BMP7、EIF2B4、PSMC3IP、TSHR、BMPR1B、EIF2B5、HS6ST1、MTMR1、PTCH1、TSPYL1、BRAF、EMX2、HSD11B1、PTGDS、TTC8、ERCC8、HSD17B3、NBN、PTPN11、UBR1、ESR1、HSD17B4、NDN、RAB23、UPK3A、BSCL2、ESR2、HSD3B1、NELF、RAB3GAP2、BUB1B、EVC、HSD3B2、NIN、RAB40AL、CBL、EVC2、ICK、NKAIN2、RAF1、WDPCP、CBX2、IGF1R、NLGN4X、RECQL4、WDR11、CCDC28B、FGF8、NOBOX、RET、WHSC1、CD96、FGF9、INHA、NOS1、RIPK4、WNT3、CDKN1C、FGFR1、INHBA、NOTCH2、ROR2、WNT4、CEP290、FGFR2、INHBB、NPR1、RSPO1、WNT5A、CFTR、FIGLA、INPP5E、NPR2、RXFP2、WNT7A、CGA、INSL3、SDCCAG8、WT1、CHD7、INSR、NR1I2、SEMA3A、WWOX、CHRM3、FOXL2、INSRR、NR1I3、SEMA3E、ZBTB16、CLTCL1、FRAS1、IRF6、NR3C1、SF3B4、ZFPM2、CNBP、FREM2、IRX5、NR5A1、SHBG、ZFY、CREBBP、FSHB、NRAS、SHH、CTNNB1、FSHR、KCNQ1OT1、NSD1、SHOC2、CTNS、FST和SLC29A3。9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的裝置，其特征在于，包括與每個所述常染色體基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)。10.一種計算機可讀介質(zhì)，所述計算機可讀介質(zhì)存儲有計算機程序，其特征在于，所述計算機程序被處理器執(zhí)行以檢測SRY基因變異，所述計算機程序為：(i)當Y染色體測序深度小于1/5的X染色體測序深度，和/或Y染色體測序深度小于1/10的常染色體測序深度時，將來自測序單元的測序數(shù)據(jù)與第二參考序列比對，獲得第二比對結(jié)果，將所述第二比對結(jié)果中的未比對上所述第二參考序列的讀段與第三參考序列比對，獲得第三比對結(jié)果，基于所述第三比對結(jié)果中的比對到SRY基因參考序列的讀段的信息，計算SRY基因的覆蓋度和/或SRY基因的測序深度，當所述SRY基因覆蓋度不小于90％和/或所述測序深度不小于1/10的常染色體測序深度時，判定存在SRY基因陽性變異；(ii)當Y染色體測序深度不小于1/5的X染色體測序深度，和/或Y染色體測序深度不小于1/10的常染色體測序深度時，基于來自第一比對單元的第一比對結(jié)果，檢測SRY基因變異；其中，所述SRY基因的覆蓋度＝有讀段比對上的SRY基因參考序列的區(qū)域的大小/SRY基因的大小，所述SRY基因的測序深度＝比對上SRY基因的讀段數(shù)目/SRY基因的大小；所述X染色體的測序深度＝比對上X染色體目標區(qū)域的讀段數(shù)目/X染色體目標區(qū)域的大小，所述Y染色體的測序深度＝比對上Y染色體目標區(qū)域的讀段數(shù)目/Y染色體目標區(qū)域的大小，所述常染色體的測序深度＝比對上常染色體目標區(qū)域的讀段數(shù)目/常染色體目標區(qū)域的大小；所述X染色體的測序深度、Y染色體的測序深度和常染色體的測序深度是基于來自第一對比單元的第一比對結(jié)果計算獲得的；所述第一比對單元用于將來自測序單元的測序數(shù)據(jù)與第一參考序列比對，獲得第一比對結(jié)果；所述測序單元用于對來自核酸獲取單元的核酸中的目標區(qū)域進行測序，獲得測序數(shù)據(jù)，所述測序數(shù)據(jù)由多個讀段組成，所述目標區(qū)域是通過試劑盒捕獲所述核酸獲得的；所述核酸獲取單元用于獲取待測樣本核酸；所述第一參考序列包括X染色體、Y染色體和常染色體的參考序列，所述第二參考序列不包括Y染色體的參考序列，所述第三參考序列包括Y染色體的參考序列；其中：所述試劑盒包括探針，所述探針固定在固相基質(zhì)上或者游離于液相中，所述探針能夠特異性識別X染色體上的以下29個基因的外顯子區(qū)：CUL4B、OCRL、OFD1、OPHN1、SMS、GK、SOX3、AR、ARX、HCCS、MAMLD1、PHF6、ATRX、HDAC8、POF1B、MBTPS2、MECP2、MED12、MID1、BMP15、NAA10、BRWD3、FGD1、IGSF1、FLNA、NR0B1、KAL1、KDM5C和NSDHL，和X染色體上的至少一個其它區(qū)域，所述探針能夠特異性識別Y染色體上SRY基因的外顯子區(qū)，和Y染色體上的至少一個其它區(qū)域。11.權(quán)利要求10的計算機可讀介質(zhì)，其特征在于，所述第二參考序列為X染色體參考序列和常染色體參考序列，和/或所述第三參考序列為Y染色體參考序列。12.權(quán)利要求10的計算機可讀介質(zhì)，其特征在于，所述探針能夠特異性識別X染色體上的與每個所述29個基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，所有的所述探針能夠特異性識別的X染色體上的區(qū)域中的任兩個相鄰區(qū)域在X參考染色體上的距離不大于10M。13.權(quán)利要求10的計算機可讀介質(zhì)，其特征在于，所述探針能夠特異性識別Y染色體上的與SRY基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，所有的所述探針能夠特異性識別的Y染色體上的區(qū)域中的任兩個相鄰區(qū)域在Y參考染色體上的距離不大于10M。14.權(quán)利要求10的計算機可讀介質(zhì)，其特征在于，所述探針能夠特異性識別每5-10M所述X參考染色體區(qū)域中的至少一部分，和/或所述探針能夠特異性識別每5-10M所述Y參考染色體區(qū)域中的至少一部分。15.權(quán)利要求10的計算機可讀介質(zhì)，其特征在于，所述X染色體上的至少一個其它區(qū)域包括以下X染色體上的15個基因的外顯子區(qū)：GATA1、KLHL4、DGKK、DIAPH2、EBP、MTCP1、HPRT1、MTM1、BRCC3、USP26、BCOR、ZXDA、RAB40AL、CHRDL1和FMR1，任選的，包括與每個所述15個基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，和/或所述Y染色體上的至少一個其它區(qū)域包括以下Y染色體上的5個基因的外顯子區(qū)：KDM5D、PCDH11Y、DDX3Y、EIF1AY和USP9Y，任選的，包括與每個所述5個基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)。16.權(quán)利要求10的計算機可讀介質(zhì)，其特征在于，所述探針能夠特異性識別至少一個常染色體基因的至少一部分。17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的計算機可讀介質(zhì)，其特征在于，至少一個常染色體基因的至少一部分包括以下常染色體基因的外顯子區(qū)：AGPAT2、GADD45G、SLC39A4、AIP、CUL7、KIAA1267、SMARCA2、AIRE、CYB5A、GATA3、KIF7、AKAP2、CYB5R3、GATA4、KISS1、ORC1、SNAP29、AKR1C2、CYP11A1、GDF9、KISS1R、OTX2、SNRPN、AKR1C4、CYP11B1、GHR、PAPSS2、SOS1、ALMS1、CYP11B2、KRAS、PAX2、SOX10、ALX4、CYP17A1、GLI3、LEP、SOX2、AMH、CYP19A1、GNAS、LEPR、PCSK1、AMHR2、CYP21A2、GNRH1、LHB、PEX1、SOX8、CYP3A7、GNRHR、LHCGR、PEX12、SOX9、ARID1B、DAZ1、GPC6、LHX1、PEX14、SPATA17、ARID5B、DBH、GSTM1、LHX3、PEX2、SPATA4、ARL6、DCAF17、GSTT1、LHX4、PEX26、SRD5A1、H19、LHX9、PEX3、SRD5A2、ATF3、H6PD、LMNA、PEX5、ATPAF2、DHCR7、HARS2、LZTFL1、PEX6、STAR、ATR、DHH、STK11、MAP2K1、PITX2、STRA6、BBS1、DIS3L2、HESX1、MAP31、PMM2、SULT2A1、BBS10、DMRT1、HFE、MAP3K4、TAC3、BBS12、DMRT2、HHIP、MAPK1、POLG、TACR3、BBS2、DMRT3、HNF1B、MAPK14、POLR3A、TBCE、BBS4、DOCK8、HOXA10、POR、TBX1、BBS5、DPAGT1、HOXA11、POU1F1、TBX3、BBS7、EBF2、HOXA13、PPARG、TGFB1、BBS9、HOXA4、PPP1R3A、TGFBR3、BLM、HOXA9、MKKS、PRKAR1A、TMEM67、EIF2B1、HOXB6、MKS1、PROK2、TNXB、BMP2、EIF2B2、HOXC13、MLL2、PROKR2、TP63、BMP4、EIF2B3、HOXD13、PROP1、TRIM32、BMP7、EIF2B4、PSMC3IP、TSHR、BMPR1B、EIF2B5、HS6ST1、MTMR1、PTCH1、TSPYL1、BRAF、EMX2、HSD11B1、PTGDS、TTC8、ERCC8、HSD17B3、NBN、PTPN11、UBR1、ESR1、HSD17B4、NDN、RAB23、UPK3A、BSCL2、ESR2、HSD3B1、NELF、RAB3GAP2、BUB1B、EVC、HSD3B2、NIN、RAB40AL、CBL、EVC2、ICK、NKAIN2、RAF1、WDPCP、CBX2、IGF1R、NLGN4X、RECQL4、WDR11、CCDC28B、FGF8、NOBOX、RET、WHSC1、CD96、FGF9、INHA、NOS1、RIPK4、WNT3、CDKN1C、FGFR1、INHBA、NOTCH2、ROR2、WNT4、CEP290、FGFR2、INHBB、NPR1、RSPO1、WNT5A、CFTR、FIGLA、INPP5E、NPR2、RXFP2、WNT7A、CGA、INSL3、SDCCAG8、WT1、CHD7、INSR、NR1I2、SEMA3A、WWOX、CHRM3、FOXL2、INSRR、NR1I3、SEMA3E、ZBTB16、CLTCL1、FRAS1、IRF6、NR3C1、SF3B4、ZFPM2、CNBP、FREM2、IRX5、NR5A1、SHBG、ZFY、CREBBP、FSHB、NRAS、SHH、CTNNB1、FSHR、KCNQ1OT1、NSD1、SHOC2、CTNS、FST和SLC29A3。18.根據(jù)權(quán)利要求17所述的計算機可讀介質(zhì)，其特征在于，包括與每個所述常染色體基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)。