本發明提供了用于確定存在于樣品中的一個或多個核酸的拷貝數變異的方法、組合物、試劑盒、系統和裝置。在一些實施方式中，本方法包括允許選擇性擴增樣品中的一個或多個靶核酸的多種靶標特異性引物。在另一個方面，本發明涉及就樣品中的核酸的基因或染色體的代表情況確定拷貝數變異。在一些實施方式中，使用公開的方法、試劑盒、系統和裝置確定樣品中的不同靶核酸的拷貝數變異的方法可用于多種下游過程，包括針對、預測性治療方案或其它治療目的。

1.用于確定拷貝數變異的非診斷目的的方法，包括擴增樣品中的多個不同的靶序列，
包括：
a)在單一擴增反應混合物中產生多個不同的擴增的靶序列，其是通過：將多個不同的
靶序列與多個不同的靶標特異性引物對和聚合酶在擴增條件下接觸，其中所述每一個引物
對的靶標特異性引物中的至少一個和擴增的靶序列的至少一個包括可切割基團，并且其中
所述擴增包括對于待擴增的靶序列中的至少一個的不超過一輪的靶標特異性選擇，其中所
述可切割基團是尿嘧啶或肌苷；
b)從擴增的靶序列切割可切割基團；
c)通過將至少一個接頭連接至至少一個擴增的靶序列產生一個或多個接頭連接的擴
增的靶序列；
d)使用引物再擴增至少一個接頭連接的擴增的靶序列；
e)對擴增的接頭連接的靶序列進行測序；
f)計算至少一個擴增的接頭連接的靶序列的測序讀取的數目；和
g)確定至少一個擴增的接頭連接的靶序列的拷貝數變異。
2.權利要求1的方法，其中確定至少一個擴增的接頭連接的靶序列的拷貝數變異包括
染色體或基因重復。
3.權利要求1的方法，其中確定至少一個擴增的接頭連接的靶序列的拷貝數變異包括
染色體或基因缺失。
4.權利要求1的方法，其中確定至少一個擴增的接頭連接的靶序列的拷貝數變異包括
雜合性的丟失。
5.權利要求1的方法，其中確定至少一個擴增的接頭連接的靶序列的拷貝數變異包括
與癌癥相關的拷貝數變異。
6.權利要求1的方法，其中確定至少一個擴增的接頭連接的靶序列的拷貝數變異包括
與遺傳疾病相關的拷貝數變異。
7.權利要求1的方法，其中確定至少一個擴增的接頭連接的靶序列的拷貝數變異包括
與非整倍性相關的拷貝數變異。
8.權利要求7的方法，其中所述非整倍性是性染色體非整倍性。
9.權利要求8的方法，其中所述非整倍性選自XO,XXX,XXXX,XXXXX,XXY,XXYY,XXXY,
XXYYY,XXXYY,XXXXY,XYY,XYYY或XYYYY。
10.用于確定拷貝數變異的非診斷目的的方法，包括擴增兩個或更多個樣品中的多個
不同的靶序列，包括：
a)在單一擴增反應混合物中產生多個不同的擴增的靶序列，其是通過：將多個不同的
靶序列與多個不同的靶標特異性引物對和聚合酶在擴增條件下接觸，其中所述每一個引物
對的靶標特異性引物中的至少一個和擴增的靶序列的至少一個包括可切割基團，并且其中
所述擴增包括對于待擴增的靶序列中的至少一個的不超過一輪的靶標特異性選擇，其中所
述可切割基團是尿嘧啶或肌苷；
b)從擴增的靶序列切割可切割基團；
c)通過將至少一個不同的條碼接頭連接至來自每個樣品的至少一個擴增的靶序列產
生一個或多個條碼接頭連接的擴增的靶序列；
d)使用引物再擴增來自每個樣品的至少一個條碼接頭連接的擴增的靶序列；
e)對來自每個樣品的擴增的接頭連接的靶序列進行測序；
f)計算來自每個樣品的至少一個擴增的接頭連接的靶序列的測序讀取的數目；和
g)確定每個樣品的至少一個擴增的接頭連接的靶序列的拷貝數變異。
11.權利要求10的方法，其中計算包括確定擴增的接頭連接的靶序列的映射的測序讀
取的總數目除以映射的測序讀取的總數目。
12.權利要求10的方法，其中計算包括確定擴增的接頭連接的靶序列的百分率比率。
13.權利要求10的方法，其中計算包括確定擴增的接頭連接的靶序列的百分率頻率。
14.權利要求10的方法，其中計算包括確定擴增的接頭連接的靶序列的log₂比率。
15.權利要求10的方法，其中確定拷貝數變異包括與病癥或疾病相關的至少一個擴增
的接頭連接的靶序列的過度代表。
16.權利要求10的方法，其中確定拷貝數變異包括與病癥或疾病相關的至少一個擴增
的接頭連接的靶序列的不足代表。