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檢測探針、通用寡核苷酸芯片及核酸檢測方法及其用途

  • 專利類型:發明專利
  • 有效期:不限
  • 發布日期:2021-06-28
  • 技術成熟度:詳情咨詢
交易價格: ¥面議
  • 法律狀態核實
  • 簽署交易協議
  • 代辦官方過戶
  • 交易成功

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  • 技術(專利)類型 發明專利
  • 申請號/專利號 CN200810097700.1 
  • 技術(專利)名稱 檢測探針、通用寡核苷酸芯片及核酸檢測方法及其用途 
  • 項目單位 陜西佰美基因股份有限公司
  • 發明人 唐一通,陳超,崔亞麗,朱娟莉,余龍林,高怡文,李錚 
  • 行業類別 藥品-化學藥品
  • 技術成熟度 詳情咨詢
  • 交易價格 ¥面議
  • 聯系人 蔣欣洋
  • 發布時間 2021-06-28  
  • 01

    項目簡介

    本發明是有關于一種檢測探針、通用寡核苷酸芯片及核酸檢測方法及其用途。通過設計線性檢測探針對P1和P2實現對核酸樣本上待測堿基或突變位點的高通量檢測。將檢測探針與核酸樣本退火雜交,之后將其均分成四個反應體系,在每個體系中分別加入A,T,G,C,在DNA聚合酶和連接酶的作用下,將相應的檢測探針對P1和P2連接成為一條探針,將此探針進行純化和擴增后,與通用寡核苷酸微陣列上的對應區域進行雜交,最后對雜交結果進行檢測和分析,確定核酸樣本上待測位點堿基類型或突變位點基因型。本發明可應用于對目標核酸序列進行重測序分析、對已知核酸序列中的突變位點,插入/缺失位點進行檢測分析及病原微生物的分型檢測領域,具有低成本、高特異性、高靈敏度的效果。
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  • 02

    說明書

    1.一種核酸檢測方法,應用于包括對目標核酸序列進行重測序分析、對已知核酸序列
    中的突變位點和插入/缺失位點進行檢測分析在內的非疾病診斷治療目的,其中核酸序列
    中的突變位點和插入/缺失位點差異為單個核苷酸殘基,或者為多個核苷酸殘基但所述多
    個核苷酸殘基為連續的相同的核苷酸殘基;其特征在于其包括以下步驟:
    ①待測核酸樣本的制備;
    ②檢測探針的制備,所述檢測探針是由針對各個待測位點的檢測探針對P1、P2組成,且
    所述檢測探針對P1、P2分別含有一條核苷酸序列H1、H2,且H1、H2序列和緊鄰待測堿基位點
    兩側的序列互補;檢測探針對P1、P2還各含有一條通用寡核苷酸序列H3、H4,H3序列和H4序
    列的互補序列作為一對通用引物的序列用來對檢測探針對進行擴增;且在該檢測探針對上
    至少還含有一個用于與檢測芯片上特定位點進行雜交和識別的Tag序列,且該Tag序列位于
    檢測探針P1或P2中間部分,也即H1與H3、或H2與H4的中間部分;
    ③將各檢測探針對與核酸樣本退火雜交,在各檢測探針對間形成與待測堿基位點處的
    堿基相對應的缺口;
    ④將退火后的反應體系均分成A、T、G、C四個反應體系,在A體系中加入dATP,在T體系中
    加入dTTP,在G體系中加入dGTP,在C體系中加入dCTP,在DNA聚合酶和連接酶的作用下,與待
    測堿基位點處的堿基互補的堿基就會填充上述缺口,將各檢測探針對連接成為一條檢測探
    針;
    ⑤純化上述連接的檢測探針;
    ⑥擴增純化出的檢測探針;
    ⑦通用寡核苷酸芯片的制備,將每張芯片分成A,T,G,C四個雜交區域,每個區域在檢測
    探針對P1、P2間形成與待測堿基位點處的堿基相對應的各個位點上分別點制與對應的檢測
    探針上的Tag序列相同的寡核苷酸序列;
    ⑧將上述寡核苷酸芯片的A,T,G,C四個雜交區域用來分別和擴增后對應的四個反應體
    系中的檢測探針進行雜交;
    ⑨對芯片進行結果檢測分析。
    2.一種核酸檢測方法,應用于包括對目標核酸序列進行重測序分析、對已知核酸序列
    中的突變位點和插入/缺失位點進行檢測分析在內的非疾病診斷治療目的;其特征在于:采
    用權利要求1所述的核酸檢測方法,其中所述的各檢測探針對的制備步驟中,還包括另一條
    檢測探針P2’,由探針P1和P2’對插入型模板進行分型檢測,由探針P1和P2對缺失型模板進
    行分型檢測;該檢測探針P2’含有一條核苷酸序列H1或H2,且H1或H2序列和緊鄰待測堿基位
    點一側的序列互補;檢測探針P2’還含有一條通用寡核苷酸序列H3或H4,H3序列和H4序列的
    互補序列作為一對通用引物的序列用來對檢測探針對進行擴增;檢測探針P2’還含有一個
    用于與檢測芯片上特定位點進行雜交和識別的Tag序列及與待測樣本插入型多態性位點的
    插入序列互補的序列H5,且該Tag序列位于H1與H3、或H2與H4的中間部分。
    3.根據權利要求1或2所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的待測核酸樣本為動
    植物染色體DNA、目標核酸PCR擴增產物、線粒體DNA、cDNA、細菌或者病毒DNA或RNA。
    4.根據權利要求1或2所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的檢測探針對中檢測
    探針的不發生連接反應的一端至少還含有生物素標記分子,且該生物素標記分子與檢測探
    針的核苷酸序列之間還含有一段連接臂,有利于后續的檢測探針純化和擴增。
    5.根據權利要求4所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的連接臂為碳連接臂、聚
    乙二醇、polyA或polyT。
    6.根據權利要求1或2所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的檢測探針的純化步
    驟是采用鏈親和素包被載體介質來完成的。
    7.根據權利要求6所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的載體介質為磁性微粒
    或聚苯乙烯微球。
    8.根據權利要求1或2所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的檢測探針的擴增步
    驟是利用與所述各檢測探針對上的通用寡核苷酸序列H3,H4對應的通用引物進行的對稱或
    不對稱PCR擴增。
    9.根據權利要求8所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的對稱PCR擴增,至少在
    一條通用引物的5’端還含有分子標記;其中所述的不對稱PCR擴增,至少有一條為限制性通
    用引物,另一條為非限制性通用引物,且在非限制性通用引物的5’端至少還含有分子標記。
    10.根據權利要求9所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的分子標記為非同位素
    標記或放射性同位素標記。
    11.根據權利要求10所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的非同位素標記為熒
    光素分子,金屬標記,半抗原標記或酶類。
    12.根據權利要求11所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的熒光素分子為cy3,
    cy5,FITC,金屬標記為Hg,半抗原標記為地高辛,酶類為辣根過氧化物酶HRP,半乳糖苷酶,
    堿性磷酸酶。
    13.根據權利要求11或12所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的對芯片進行結
    果檢測分析的步驟是對芯片進行單色熒光掃描并根據芯片上四個分區對應位點上的熒光
    信號出現情況確定檢測結果,或者對芯片進行酶顯色的方法確定檢測結果。
    14.根據權利要求10所述的核酸檢測方法,其特征在于其中所述的放射性同位素標記
    32P或35S。
    展開

專利技術附圖

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