在一種推導基因組樣品中所選短串聯重復序列(STR)中的重復單元數目的方法中，提供了由包含所選STR的基因組樣品所生成的至少一條單鏈目標DNA、一個STR探針(P1,P1’)、一個參考探針(P2)和兩個封閉物(B1,B2)，并進行了至少三個差異雜交實驗，基于此確定了每個差異雜交實驗中每條目標DNA鏈上結合的STR探針寡核苷酸(P1,P1’)的數目。所述方法還包括比較差異雜交實驗中每條目標DNA鏈上結合的STR探針寡核苷酸(P1,P1’)的數目，用于推導單鏈目標DNA鏈上所選STR上的重復單元數目。還公開了用于通過差異雜交實施STR基因分型的試劑盒。

1.一種推導基因組樣品中所選短串聯重復序列STR中重復單元數目的方法，
所述方法包括以下步驟：
a)提供至少：
a1)從包含所選STR的基因組樣品中生成的單鏈目標DNA；
a2)帶第一熒光標簽的STR探針P1，至少一個STR探針P1為包含
與所述單鏈目標DNA上所選STR上確定數目的重復單元互補的
序列的寡核苷酸；
a3)帶第二熒光標簽的參考探針P2，所述第二熒光標簽與所述第一
熒光標簽不同，所述參考探針P2為包含與所述單鏈目標DNA上
所選STR的5’或3’旁側序列互補的序列的寡核苷酸；
a4)兩個封閉物B1和B2，其為寡核苷酸，其特征在于，第一封閉物
B1包含與所述STR的5’旁側區域內序列以及與所述5’旁側區域
相鄰的至少一個STR重復單元互補的序列，第二封閉物B2包含
與所述STR的3’旁側區域內序列以及與所述3’旁側區域相鄰的
至少一個STR重復單元互補的序列；
b)進行至少以下三個差異雜交實驗，各實驗中將一定量的所述單鏈目標
DNA與以下物質混合：
b1)所述至少一個STR探針P1和所述參考探針P2，在第一差異雜交
實驗中與所述單鏈目標DNA雜交；
b2)所述至少一個STR探針P1、所述參考探針P2和所述至少兩個封
閉物B1和B2其中之一，在第二差異雜交實驗中與所述單鏈目
標DNA雜交；以及
b3)所述至少一個STR探針P1、所述參考探針P2和所述兩個封閉物
B1和B2，在第三差異雜交實驗中與所述單鏈目標DNA雜交；
c)測量各差異雜交實驗中結合到所選STR的重復單元上的所述至少一
個STR探針P1所提供的熒光強度；
d)測量各差異雜交實驗中結合到所述單鏈目標DNA的旁側序列之一上
的所述參考探針P2所提供的熒光強度；
e)對每個差異雜交實驗，將步驟c)中測得的所述至少一個STR探針P1
的熒光強度與步驟d)中測得的所述參考探針P2的熒光強度相關聯，
從而確定各差異雜交實驗中每個目標DNA鏈上所結合的STR探針寡
核苷酸P1的數目，以及
f)比較各差異雜交實驗中每個目標DNA鏈上所結合的STR探針寡核苷
酸P1的數目，用于推導所述單鏈目標DNA鏈上所選STR中重復單
元的數目。
2.如權利要求1所述的方法，
其特征在于，在步驟a4)中，還包括第三封閉物B3，所述第三封閉物
B3是寡核苷酸，所述第三封閉物包含與所述STR的5’旁側區域內序列和
所述5’旁側區域相鄰的一定數目的STR重復單元互補的序列，所述數目
與所述第一封閉物B1中的重復單元的數目不同，
且其特征在于，所述方法包含步驟b4)，其中將一定量的所述單鏈目標
DNA與所述至少一個STR探針P1、所述參考探針P2和所述第三封閉物
B3混合，在差異雜交實驗中與所述單鏈目標DNA雜交。
3.如權利要求1所述的方法，
其特征在于，在步驟a4)中，還包括第三封閉物B3'，所述第三封閉物
B3'是寡核苷酸，所述第三封閉物B3'包含與所述STR的3’旁側區域內序列
和所述3’旁側區域相鄰的一定數目的STR重復單元互補的序列，所述數
目與所述第二封閉物B2中的重復單元的數目不同，
所述方法還包含步驟b4')，其中將一定量的所述單鏈目標DNA與所述
至少一個STR探針P1、所述參考探針P2和所述第三封閉物B3'混合，在
差異雜交實驗中與所述單鏈目標DNA雜交。
4.如權利要求2所述的方法，
其特征在于，在步驟a4)中，還包括第四封閉物B4，所述第四封閉物
B4是寡核苷酸，所述第四封閉物包含與所述STR的3’旁側區域內序列和
所述3’旁側區域相鄰的一定數目的STR重復單元互補的序列，所述數目
與所述第二封閉物B2中的重復單元的數目不同，
所述方法還包含步驟b5)，其中將一定量的所述單鏈目標DNA與所述
至少一個STR探針P1、所述參考探針P2和所述第四封閉物B4混合，在
差異雜交實驗中與所述單鏈目標DNA雜交。
5.如權利要求1所述的方法，
其特征在于，在步驟a4)中，包括至少第三封閉物B3和第四封閉物B4，
所述第三封閉物B3和第四封閉物B4為寡核苷酸，所述第三封閉物B3包
含與所述STR的5’旁側區域內序列和所述5’旁側區域相鄰的一定數目的
STR重復單元互補的序列，所述數目與所述第一封閉物B1中的重復單元
的數目不同，所述第四封閉物B4包含與所述STR的3’旁側區域內序列和
所述3’旁側區域相鄰的一定數目的STR重復單元互補的序列，所述數目
與所述第二封閉物B2中的重復單元的數目不同，
所述方法包含以下步驟：
b4)將一定量的所述單鏈目標DNA與所述至少一個STR探針P1、所述
參考探針P2和所述第三封閉物B3混合，在第四差異雜交實驗中與
所述單鏈目標DNA進行雜交；
b5)將一定量的所述單鏈目標DNA與所述至少一個STR探針P1、所述
參考探針P2和所述第四封閉物B4混合，在第五差異雜交實驗中與
所述單鏈目標DNA進行雜交；以及
b6)將一定量的所述單鏈目標DNA與所述至少一個STR探針P1、所述
參考探針P2和所述第三封閉物B3和第四封閉物B4混合，在第六
差異雜交實驗中與所述單鏈目標DNA進行雜交。
6.如權利要求1所述的方法，所述方法還包含以下步驟：
提供帶第三熒光標簽的至少一個插入探針P3，所述插入探針P3是寡核苷
酸且包含與所述單鏈目標DNA上所選STR的重復序列內的非重復核苷酸
序列互補的序列；
在另外的不同差異雜交實驗或在步驟b1)的雜交實驗中使用所述至少一個
插入探針P3，用于確定所述單鏈目標DNA上所選STR的重復序列內的重
復核苷酸序列是否存在。
7.如權利要求1所述的方法，其特征在于，在步驟a2)中包括兩個STR探針
P1和P1’，各自的序列分別與所述單鏈目標DNA上所選STR的不同、確
定數目的重復單元互補，在步驟b1)-b3)中使用所述第一STR探針P1，進
一步的雜交實驗則使用所述第二STR探針P1’而非所述第一STR探針P1。
8.如權利要求1所述的方法，所述方法還包含以下步驟：
提供一組旁側物F1和F2，其為寡核苷酸，第一旁側物F1包含與所述
STR的5’旁側區域內序列互補的序列，第二旁側物F2包含與所述STR的
3’旁側區域內序列互補的序列；
在那些不使用或只使用一個封閉物B1或B2的差異雜交實驗中使用所
述旁側物F1和F2中的至少一個與所述單鏈目標DNA上所選STR上未被
封閉物B1或B2覆蓋的5’或3’旁側區域雜交。
9.如權利要求1所述的方法，所述方法還包含以下步驟：提供了一組聚合酶
鏈式反應PCR寡核苷酸，用于對帶有所述短STR序列的所選基因組樣品
進行PCR擴增，用所述PCR寡核苷酸組進行PCR以擴增步驟a1)中提供
的帶有所選STR序列的基因組樣品，對擴增后的雙鏈樣品DNA進行變性
以生成單鏈DNA，選擇并分離單鏈目標DNA用于所述差異雜交實驗。
10.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟a1)中提供的所述基因組樣
品為人類基因組樣品。
11.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述參考探針P2在寡核苷酸的3’
端用Cy5標記。
12.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述至少一個STR探針P1在寡
核苷酸的3’端用FAM標記。
13.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述至少一個STR探針P1由所
選STR的互補序列組成。
14.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述參考探針P2包含與所述目
標DNA的5’或3’旁側序列互補的序列，所述旁側序列不含所選STR的序
列。
15.如權利要求8所述的方法，其特征在于，所述參考探針P2包含與所述目
標DNA的5’或3’旁側序列互補的序列，所述旁側序列不含所選STR的序
列且不含所述旁側物F1和F2的序列。
16.一種用于實施權利要求1所述方法的試劑盒，所述試劑盒包含：
·帶第一熒光標簽的所述至少一個STR探針P1，所述至少一個STR
探針P1為包含與所述單鏈目標DNA上所選STR上確定數目的重復
單元互補的序列的寡核苷酸；
·帶第二熒光標簽的所述參考探針P2，所述第二熒光標簽與所述第一
熒光標簽不同，所述參考探針P2為包含與所述單鏈目標DNA上所
選STR的5’或3’旁側序列互補的序列的寡核苷酸；以及
·所述至少兩個封閉物B1和B2，其為寡核苷酸，其特征在于，第一
封閉物B1包含與所述STR的5’旁側區域內序列以及與所述5’旁側
區域相鄰的至少一個STR重復單元互補的序列，第二封閉物B2包
含與所述STR的3’旁側區域內序列以及與所述3’旁側區域相鄰的至
少一個STR重復單元互補的序列。
17.如權利要求16所述的試劑盒，其用于實施權利要求5所述的方法，所述
試劑盒還包含：
·第三封閉物B3及第四封閉物B4，所述第三封閉物B3包含與所述
STR的5’旁側區域內序列和所述5’旁側區域相鄰的一定數目的STR
重復單元互補的序列，所述數目與所述第一封閉物B1中的重復單元
的數目不同，所述第四封閉物B4包含與所述STR的3’旁側區域內
序列和所述3’旁側區域相鄰的一定數目的STR重復單元互補的序
列，所述數目與所述第二封閉物B2中的重復單元的數目不同。
18.如權利要求16或17中任一項所述的試劑盒，所述試劑盒還包含：
·至少兩個旁側物F1和F2，其為寡核苷酸，其特征在于，第一旁側
物F1包含與所述STR的5’旁側區域內序列互補的序列，且其特征
在于，第二旁側物F2包含與所述STR的3’旁側區域內序列互補的
序列。
19.如權利要求16或17中任一項所述的試劑盒，所述試劑盒還包含：
·帶第三熒光標簽的至少一個插入探針P3，所述至少一個插入探針P3
是寡核苷酸，包含與所述單鏈目標DNA上所選STR的重復序列內
的非重復核苷酸序列互補的序列。