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高通量微生物功能基因微陣列處理方法及電子設備

  • 專利類型:發明專利
  • 有效期:不限
  • 發布日期:2021-10-08
  • 技術成熟度:可以量產
交易價格: ¥面議
  • 法律狀態核實
  • 簽署交易協議
  • 代辦官方過戶
  • 交易成功

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  • 技術(專利)類型 發明專利
  • 申請號/專利號 CN201711046082.3 
  • 技術(專利)名稱 高通量微生物功能基因微陣列處理方法及電子設備 
  • 項目單位 廣東美格基因科技有限公司
  • 發明人 石舟,周集中,楊云鋒,束文圣,鄧曄,葉脈 
  • 行業類別
  • 技術成熟度 可以量產
  • 交易價格 ¥面議
  • 聯系人 孫永莉
  • 發布時間 2021-10-08  
  • 01

    項目簡介

    本發明公開一種高通量微生物功能基因微陣列處理方法及電子設備,方法包括:根據所選功能基因探針的數目,選擇包括所選功能基因探針的數目的最小的預設規格作為當前規格,獲取當前規格的微陣列中多個探針的信號值,所述微陣列劃分為多個子陣列,每個子陣列的探針包括基因探針、以及多種類型的控制探針,所述控制探針至少包括:背景值控制探針、陽性控制探針、陰性控制探針和全局控制探針;對所獲取的信號值進行去背景值處理、去噪聲處理和標準化處理。本發明能夠自動構建微陣列并進行信號預處理,從而有效應對由于現實中高通量微陣列雜交實驗所受到各種環境因素以及人為操作的干擾,并且盡可能準確地獲取所覆蓋的目標功能基因的信號值。
    展開
  • 02

    說明書

    1.一種高通量微生物功能基因微陣列處理方法,其特征在于,包括:
    根據所選功能基因探針的數目,選擇包括所選功能基因探針的數目的最小的預設規格
    作為當前規格,獲取當前規格的微陣列中多個探針的信號值,所述微陣列劃分為多個子陣
    列,每個子陣列的探針包括基因探針、以及多種類型的控制探針,所述控制探針至少包括:
    背景值控制探針、陽性控制探針、陰性控制探針和全局控制探針;
    對所獲取的信號值進行去背景值處理、去噪聲處理和標準化處理。
    2.根據權利要求1所述的高通量微生物功能基因微陣列處理方法,其特征在于,對于每
    個子陣列的控制探針,采用如下方式規劃:
    隨機分布多個所述背景值控制探針;
    隨機分布多個所述陰性控制探針;
    在子陣列第一行起始和末行末尾分布多個陽性控制探針;
    在子陣列中央成輻射狀向四角擴散分布多個全局控制探針。
    3.根據權利要求1所述的高通量微生物功能基因微陣列處理方法,其特征在于,所述去
    背景值處理,具體包括:
    對每個子陣列:
    計算該子陣列中所有所述背景值控制探針的信號值均值,將所述背景值控制探針的信
    號值均值作為該子陣列的背景值;
    將該子陣列中每個探針的探針信號值減去其所在子陣列的背景值,得到每個探針的真
    實信號值。
    4.根據權利要求1所述的高通量微生物功能基因微陣列處理方法,其特征在于,所述去
    噪聲處理,具體包括:
    計算每一個探針的信號比噪音值和變異系數值;
    計算每一個子陣列所有所述陰性控制探針的信號值均值;
    將每個子陣列中變異系數值超過預設異常閾值的探針標記成異值信號并移除;
    為每個子陣列設定信號比噪音閾值,所述信號比噪音閾值大于該子陣列中95%的陰性
    控制探針的信號比噪音值,將信號比噪音值低于所述信號比噪音閾值的探針標記成噪聲信
    號并移除。
    5.根據權利要求1所述的高通量微生物功能基因微陣列處理方法,其特征在于,所述標
    準化處理,具體包括:
    計算每一個子陣列內所有標準化探針的信號值均值,所述標準化探針為所述陽性控制
    探針和/或所述全局控制探針;
    選擇所有子陣列中最大的標準化探針的信號值均值作為標準化均值;
    對于每個子陣列,將所述標準化均值除以該子陣列的標準化探針的信號值均值作為該
    子陣列的標準化因子;
    將該子陣列中除標準化探針以外的探針的信號值乘以所述標準化因子得到標準化后
    的探針信號值。
    6.一種電子設備,其特征在于,包括:
    至少一個處理器;以及,
    與所述至少一個處理器通信連接的存儲器;其中,
    所述存儲器存儲有可被所述至少一個處理器執行的指令,所述指令被所述至少一個處
    理器執行,以使所述至少一個處理器能夠:
    根據所選功能基因探針的數目,選擇包括所選功能基因探針的數目的最小的預設規格
    作為當前規格,獲取當前規格的微陣列中多個探針的信號值,所述微陣列劃分為多個子陣
    列,每個子陣列的探針包括基因探針、以及多種類型的控制探針,所述控制探針至少包括:
    背景值控制探針、陽性控制探針、陰性控制探針和全局控制探針;
    對所獲取的信號值進行去背景值處理、去噪聲處理和標準化處理。
    7.根據權利要求6所述的電子設備,其特征在于,對于每個子陣列的控制探針,采用如
    下方式規劃:
    隨機分布多個所述背景值控制探針;
    隨機分布多個所述陰性控制探針;
    在子陣列第一行起始和末行末尾分布多個陽性控制探針;
    在子陣列中央成輻射狀向四角擴散分布多個全局控制探針。
    8.根據權利要求6所述的電子設備,其特征在于,所述去背景值處理,具體包括:
    對每個子陣列:
    計算該子陣列中所有所述背景值控制探針的信號值均值,將所述背景值控制探針的信
    號值均值作為該子陣列的背景值;
    將該子陣列中每個探針的探針信號值減去其所在子陣列的背景值,得到每個探針的真
    實信號值。
    9.根據權利要求6所述的電子設備,其特征在于,去噪聲處理,具體包括:
    計算每一個探針的信號比噪音值和變異系數值;
    計算每一個子陣列所有所述陰性控制探針的信號值均值;
    將每個子陣列中變異系數值超過預設異常閾值的探針標記成異值信號并移除;
    為每個子陣列設定信號比噪音閾值,所述信號比噪音閾值大于該子陣列中95%的陰性
    控制探針的信號比噪音值,將信號比噪音值低于所述信號比噪音閾值的探針標記成噪聲信
    號并移除。
    10.根據權利要求6所述的電子設備,其特征在于,所述標準化處理,具體包括:
    計算每一個子陣列內所有標準化探針的信號值均值,所述標準化探針為所述陽性控制
    探針和/或所述全局控制探針;
    選擇所有子陣列中最大的標準化探針的信號值均值作為標準化均值;
    對于每個子陣列,將所述標準化均值除以該子陣列的標準化探針的信號值均值作為該
    子陣列的標準化因子;
    將該子陣列中除標準化探針以外的探針的信號值乘以所述標準化因子得到標準化后
    的探針信號值。
    展開

專利技術附圖

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